PDB-2moz: Structure of the Membrane Protein MerF, a Bacterial Mercury Trans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2moz

タイトル

Structure of the Membrane Protein MerF, a Bacterial Mercury Transporter, Improved by the Inclusion of Chemical Shift Anisotropy Constraints

要素

MerF

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Membrane Protein Structures by Solution NMR / MPSbyNMR / PSI-Biology / Structural Genomics

機能・相同性

bacterial mercury transporter, merf / Mercury ion transport, MerF / Membrane transport protein MerF / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / membrane / MerF

機能・相同性情報

生物種

Morganella morganii (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Tian, Y. / Lu, G.J. / Marassi, F.M. / Opella, S.J. / Membrane Protein Structures by Solution NMR (MPSbyNMR)

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2014
タイトル: Structure of the membrane protein MerF, a bacterial mercury transporter, improved by the inclusion of chemical shift anisotropy constraints.
著者: Tian, Y. / Lu, G.J. / Marassi, F.M. / Opella, S.J.

履歴

登録	2014年5月7日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2moz.cif.gz	257.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2moz.ent.gz	214.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2moz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/2moz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/2moz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2m67
類似構造データ	1xtd-d 3er0-1 1om2-d 3qao-d 1jjh-1 6k5x-1 5yya-d 2620 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19115

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MerF

8.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	MerF 分子量: 8670.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Morganella morganii (バクテリア) 遺伝子: merF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56446
配列の詳細	THE HOMOSERINE IS A RESULT OF THE CYANOGEN BROMIDE CLEAVAGE DURING PROTEIN PURIFICATION AND IS NOT ...THE HOMOSERINE IS A RESULT OF THE CYANOGEN BROMIDE CLEAVAGE DURING PROTEIN PURIFICATION AND IS NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE CALCULATION.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DARR
1	2	1	2D NC correlation
1	3	1	3D HnNCa SLF
1	4	1	3D HnNCo SLF
1	5	1	3D HcCxCx SLF
2	6	2	2D HETCOR
2	7	2	3D HETCOR/SLF
2	8	2	SAMPI4
2	9	2	PISEMA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.0-3.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10.0-15.0 mM DMPC, 100 % H2O, 100% H2O	100% H2O
2	1.0-6.0 mg/mL [U-98% 15N] protein, 8 mg DHPC, 40 mg DMPC, 170 uL H2O, 100% H2O	100% H2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	mM	protein-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	2.0-3.0	1
	mM	DMPC-2		10.0-15.0	1
100 %		H2O-3			1
	mg/mL	protein-4	[U-98% 15N]	1.0-6.0	2
8 mg/mL		DHPC-5			2
40 mg/mL		DMPC-6			2
170 uM		H2O-7			2

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	6	ambient	298 K
2	6	ambient	315 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Varian DD2	Varian	DD2	800	2

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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