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万見
- PDB-2mou: Solution structure of StAR-related lipid transfer domain protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mou
タイトルSolution structure of StAR-related lipid transfer domain protein 6 (STARD6)
要素StAR-related lipid transfer protein 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Steroidogenic acute regulatory protein (StAR) / START domain / Cholesterol metabolism / Steroidogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Pregnenolone biosynthesis / lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
StAR-related lipid transfer protein 5/6 / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
StAR-related lipid transfer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Letourneau, D. / Bedard, M. / Lefebvre, A. / Lehoux, J.G. / Lavigne, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of StAR-related lipid transfer domain protein 6 (STARD6)
著者: Letourneau, D. / Bedard, M. / Lefebvre, A. / Lehoux, J.G. / Lavigne, P.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: StAR-related lipid transfer protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0581
ポリマ－25,0581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000Lowest energy, restraint violations and Ramachandran parameters
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 StAR-related lipid transfer protein 6 / START domain-containing protein 6 / StARD6


分子量: 25057.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NM_139171/NP_631910, STARD6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59095

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D C(CO)NH
1313D HNCO
1412D 1H-15N HSQC
1513D HN(CO)CA
1613D HNHA
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D (H)CCH-TOCSY
11012D 1H-13C HSQC
11113D 1H-13C NOESY aliphatic
11212D 1H-13C HSQC aromatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] StAR_D6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: StAR_D6-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: 1.000 atm / 温度: 298.150 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UnityInova / 製造業者: Varian / モデル: UnityInova / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Rieping, Habeck, Bardiaux, Bernard, Malliavi, Nilgesstructure calculation, refinement
CcpNmr Analysis2.2.2Vranken, Boucher, Stevens, Fogh, Pajon, Llinas, Ulrich, Markley, Ionides, Laueデータ解析
DANGLE1.1Cheung, Maguire, Stevens, Broadhurstdihedral restraints from chemical shifts
NMRPipe2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Baxfile conversion
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation, refinement
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy, restraint violations and Ramachandran parameters
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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