PDB-2mot: Backbone Structure of Actin Depolymerizing Factor (ADF) of Toxopl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mot

タイトル

Backbone Structure of Actin Depolymerizing Factor (ADF) of Toxoplasma gondii Based on Prot3DNMR Approach

要素

Actin depolymerizing factor ADF

キーワード

PROTEIN BINDING / tgADF / Prot3DNMR / Actin Depolymerizing Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

actin filament depolymerization / actin filament binding / actin cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing

Model details

lowest energy, model20

データ登録者

Kumar, D. / Raikwal, N. / Raval, I. / Jaiswal, N. / Shukla, V. / Arora, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Prot3DNMR: A Simple and Swift Strategy for Backbone Structure Determination of Proteins by NMR
著者: Kumar, D. / Raikwal, N. / Raval, I. / Jaiswal, N. / Shukla, V. / Arora, A.

履歴

登録	2014年5月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mot.cif.gz	819.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mot.ent.gz	693.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mot.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mot_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mot_full_validation.pdf.gz	690.5 KB	表示
XML形式データ	2mot_validation.xml.gz	77.4 KB	表示
CIF形式データ	2mot_validation.cif.gz	79.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/2mot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/2mot	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2l72
類似構造データ	3tzu-3 3tzu-5 3s0d-d 6bs8-2 3tzu-6 4pdt-d 3ab9-d 2qgv-9 3s0f-2 3tzu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17278

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Actin depolymerizing factor ADF

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Actin depolymerizing factor ADF 分子量: 12966.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: TGVEG_220400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9Q2C8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR / 詳細: NMR Methodology Developments

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D C(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	(4,3)D-HNCN
1	7	1	CNH-NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using a combination of Dihedral angles and NOEs

-
試料調製

詳細

内容: 10 % [U-99% 2H] D2O-1, 90 % H2O-2, 0.02 % sodium azide-3, 50 mM sodium phosphate-4, 150 mM sodium chloride-5, 1 mM EDTA-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
10 %	D2O-1	[U-99% 2H]	1
90 %	H2O-2		1
0.02 %	sodium azide-3		1
50 mM	sodium phosphate-4		1
150 mM	sodium chloride-5		1
1 mM	EDTA-6		1

試料状態

イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

Protein phi angle constraints total count: 90 / Protein psi angle constraints total count: 90

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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