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万見
- PDB-2mop: Structure of Bitistatin A -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mop
タイトルStructure of Bitistatin A
要素Disintegrin bitistatin
キーワードTOXIN / Bitis arietans / snake venom / disintegrin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Disintegrin bitistatin
類似検索 - 構成要素
生物種Bitis arietans (ヘビ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Carbajo, R.J. / Calvete, J. / Sanz, L. / Perez, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: NMR structure of bitistatin - a missing piece in the evolutionary pathway of snake venom disintegrins.
著者: Carbajo, R.J. / Sanz, L. / Perez, A. / Calvete, J.J.
履歴
登録2014年4月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Disintegrin bitistatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0141
ポリマ－9,0141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Disintegrin bitistatin / Arietin / Bitan / Disintegrin isoform D-1 / Platelet aggregation activation inhibitor / Venom protein CM-2


分子量: 9014.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bitis arietans (ヘビ) / 参照: UniProt: P17497
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution structure of the isoform A of bitistatin, a desintegrin isolated from the venom of the viper Bitis arietans
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細内容: 1 mM Bitistatin A, 18 mM H2O, 1 mM [U-99% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBitistatin_A-11
18 mMH2O-21
1 mMD2O-3[U-99% 2H]1
50 mMsodium phosphate-41
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1488 / NOE intraresidue total count: 204 / NOE long range total count: 494 / NOE medium range total count: 271 / NOE sequential total count: 465 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 40
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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