PDB-2mns: Solution NMR structure of the reovirus p15 fusion-associated smal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mns

タイトル

Solution NMR structure of the reovirus p15 fusion-associated small transmembrane (FAST) protein fusion-inducing lipid packing sensor (FLiPS) motif in dodecyl phosphocholine (DPC) micelles

要素

Membrane fusion protein p15

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / P15 FLiPS / FAST Protein / Fusion Protein / Reovirus

機能・相同性

membrane / Membrane fusion protein p15

機能・相同性情報

生物種

Baboon orthoreovirus (ウイルス)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Sarker, M. / Duncan, R. / Read, J. / Rainey, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Novel helix-loop-helix fusion-inducing lipid packing sensor (FLiPS) for cell-cell fusion
著者: Read, J. / Clancy, E. / Sarker, M. / Langelaan, D. / Rainey, J. / Duncan, R.

履歴

登録	2014年4月9日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mns.cif.gz	261.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mns.ent.gz	186.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mns_validation.pdf.gz	366.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mns_full_validation.pdf.gz	581.9 KB	表示
XML形式データ	2mns_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	2mns_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/2mns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ob7-d 1ob4-d 2msu-d 5j6t-d 1ee7-d 2dlj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19902

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Membrane fusion protein p15

1.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	50 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Membrane fusion protein p15 分子量: 1965.363 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 68-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Baboon orthoreovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q918V6
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM protein_1, 150 mM DPC, 0.5 mM DSS, 0.2 mM sodium azide, 20 mM [U-2H] sodium acetate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	entity_1-1		1
150 mM	DPC-2		1
0.5 mM	DSS-3		1
0.2 mM	sodium azide-4		1
20 mM	sodium acetate-5	[U-2H]	1

試料状態

pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.34	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	解析
Sparky	3.11	Goddard	chemical shift assignment
ProcheckNMR	3.5.4	Laskowski and MacArthur	構造検証
UCSF Chimera	1.8	NIH	structure viewing
MOLMOL	2K.2	Koradi, Billeter and Wuthrich	ensemble viewing

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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