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- PDB-2mnj: NMR solution structure of the yeast Pih1 and Tah1 C-terminal doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mnj
タイトルNMR solution structure of the yeast Pih1 and Tah1 C-terminal domains complex
要素
  • Protein interacting with Hsp90 1
  • TPR repeat-containing protein associated with Hsp90
キーワードPROTEIN BINDING / CS-domain / R2TP / HSP90 / snoRNP assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


R2TP complex / box C/D snoRNP assembly / regulation of cell size / RNA splicing / mRNA processing / rRNA processing / protein folding / protein-folding chaperone binding / protein stabilization / ribonucleoprotein complex ...R2TP complex / box C/D snoRNP assembly / regulation of cell size / RNA splicing / mRNA processing / rRNA processing / protein folding / protein-folding chaperone binding / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4160 / Pih1, Ascomycota, CS domain / Fungal Pih1 CS domain / PIH1, N-terminal / : / PIH1 N-terminal domain / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats ...Immunoglobulin-like - #4160 / Pih1, Ascomycota, CS domain / Fungal Pih1 CS domain / PIH1, N-terminal / : / PIH1 N-terminal domain / : / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TPR repeat-containing protein associated with Hsp90 / Protein interacting with Hsp90 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Quinternet, M. / Jacquemin, C. / Charpentier, B. / Manival, X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure/Function Analysis of Protein-Protein Interactions Developed by the Yeast Pih1 Platform Protein and Its Partners in Box C/D snoRNP Assembly.
著者: Quinternet, M. / Rothe, B. / Barbier, M. / Bobo, C. / Saliou, J.M. / Jacquemin, C. / Back, R. / Chagot, M.E. / Cianferani, S. / Meyer, P. / Branlant, C. / Charpentier, B. / Manival, X.
履歴
登録2014年4月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPR repeat-containing protein associated with Hsp90
B: Protein interacting with Hsp90 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9502
ポリマ－12,9502
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TPR repeat-containing protein associated with Hsp90 / Tah1


分子量: 2555.813 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 93-111 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TAH1, YCR060W, YCR60W / プラスミド: pnEA-tah1p93-111 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25638
#2: タンパク質 Protein interacting with Hsp90 1 / Pih1 / Nucleolar protein 17


分子量: 10394.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 257-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PIH1, NOP17, YHR034C / プラスミド: pnCS-Pih1p257-344 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38768

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D 1H-13C NOESY aliphatic
1513D 1H-13C NOESY aromatic
1613D 1H-15N NOESY
1712D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Tah1, 1.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pih1, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMTah1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.5 mMPih1-2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD scripts were used
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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