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万見
- PDB-2mn2: 3D structure of YmoB, a modulator of biofilm formation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mn2
タイトル3D structure of YmoB, a modulator of biofilm formation
要素YmoB
キーワードANTITOXIN / four helix bundle / buried cysteine
機能・相同性Biofilm formation regulator YbaJ / Biofilm formation regulator YbaJ / Hha toxicity modulator TomB / Uncharacterized protein ybaJ
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法溶液NMR / Simulated annealing, molecular dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Marimon, O. / Cordeiro, T.N. / Amata, I. / Pons, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: An oxygen-sensitive toxin-antitoxin system.
著者: Marimon, O. / Teixeira, J.M. / Cordeiro, T.N. / Soo, V.W. / Wood, T.L. / Mayzel, M. / Amata, I. / Garcia, J. / Morera, A. / Gay, M. / Vilaseca, M. / Orekhov, V.Y. / Wood, T.K. / Pons, M.
履歴
登録2014年3月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YmoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5141
ポリマ－15,5141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 YmoB / ybaJ


分子量: 15514.276 Da / 分子数: 1 / 変異: C117S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: W22711 / 遺伝子: ybaJ, YEW_DG13760, ymoB / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F4MY12, UniProt: A0A0E1NKQ3*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1233D HNCO
1333D HN(CO)CA
1433D CBCA(CO)NH
1532D 1H-13C HSQC
1652D 1H-13C HSQC aliphatic Constant Time
1733D HBHA(CO)NH
1833D HN(CA)CB
1942D 1H-15N HSQC
11032D 1H-13C HSQC aliphatic
11142D 1H-13C HSQC aliphatic
11242D 1H-13C HSQC aromatic
11343D (H)CCH-TOCSY
11443D (H)CCH-TOCSY
11533D 1H-15N NOESY
11643D 1H-13C NOESY aliphatic
11743D 1H-13C NOESY aromatic
11811D 1H WATERGATE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM YmoB-C117S, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA, 0.1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] YmoB-C117S, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA, 0.1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YmoB-C117S, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA, 0.1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YmoB-C117S, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA, 0.1% sodium azide, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] YmoB-C117S, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA, 0.1% sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMYmoB-C117S-11
20 mMsodium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
1 mMTCEP-41
0.2 mMEDTA-51
0.1 %sodium azide-61
1 mMYmoB-C117S-7[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-82
150 mMsodium chloride-92
1 mMTCEP-102
0.2 mMEDTA-112
0.1 %sodium azide-122
1 mMYmoB-C117S-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate-143
150 mMsodium chloride-153
1 mMTCEP-163
0.2 mMEDTA-173
0.1 %sodium azide-183
1 mMYmoB-C117S-19[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate-204
150 mMsodium chloride-214
1 mMTCEP-224
0.2 mMEDTA-234
0.1 %sodium azide-244
1 mMYmoB-C117S-25[U-10% 13C; U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphate-265
150 mMsodium chloride-275
1 mMTCEP-285
0.2 mMEDTA-295
0.1 %sodium azide-305
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Varian INOVAVarianINOVA9002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.0 and 3.0Bruker Biospincollection
VnmrJ3.2Variancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MddNMRV. Orekhov, V. Jaravine, M. Mayzel, K. Kazimierczuk, Swedish NMR Center, University of Gothenburg解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CARA1.9.0 Beta 3(c) 2000-2010 by Rochus Keller and otherschemical shift assignment
CARA1.9.0 Beta 3(c) 2000-2010 by Rochus Keller and otherspeak picking
Unio'10Version 2.0.22002-2011 Torsten Herrmannchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PyMOLSchrodinger, LLC.データ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: Simulated annealing, molecular dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1349 / NOE intraresidue total count: 541 / NOE long range total count: 214 / NOE medium range total count: 241 / NOE sequential total count: 353 / Hydrogen bond constraints total count: 72
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.2968 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.0264 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.0312 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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