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万見
- PDB-2mmu: Structure of CrgA, a Cell Division Structural and Regulatory Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mmu
タイトルStructure of CrgA, a Cell Division Structural and Regulatory Protein from Mycobacterium tuberculosis, in Lipid Bilayers
要素Cell division protein CrgA
キーワードCELL CYCLE / CrgA structure / Membrane protein / Hydrated lipid bilayer
機能・相同性Cell division protein CrgA / Cell division protein CrgA / cell cycle / plasma membrane => GO:0005886 / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane / Cell division protein CrgA / Cell division protein CrgA
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法個体NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Das, N. / Dai, J. / Hung, I. / Rajagopalan, M. / Zhou, H. / Cross, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of CrgA, a cell division structural and regulatory protein from Mycobacterium tuberculosis, in lipid bilayers.
著者: Das, N. / Dai, J. / Hung, I. / Rajagopalan, M.R. / Zhou, H.X. / Cross, T.A.
履歴
登録2014年3月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references / Experimental preparation / Structure summary
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein CrgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5111
ポリマ－11,5111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1000target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein CrgA


分子量: 11510.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: crgA, MT0014, MTCY10H4.11c, Rv0011c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67376, UniProt: P9WP57*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: The structure of CrgA, a transmembrane protein of M. tuberculosis in lipid bilayer
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D PISEMA
2222D 13C-13C DARR
2323D NCACX,NCOCX,CAN(CO)CX

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
115NH4Cl - 1.0/13C glucose - 2.0 g/L [U-100% 13C; U-100% 15N] CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Leu CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Ala CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Val CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Ile CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Trp CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Tyr CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Met CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Phe CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Thr CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Gly CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Ser CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Arg CrgA, 200 mg/mL [U-15N]-Asn CrgA, No organic solvent usedNo organic solvent used
215NH4Cl - 1.0/13C glucose - 2.0 g/L [U-100% 13C; U-100% 15N] CrgA uniform label, 13C glucose 2.0 g/L [U-100% 13C] CrgA reverse label (TIFSW not labelled), 13C glucose 2.0 g/L [U-100% 13C] CrgA reverse label (ILFYS not labelled), No organic solvent usedNo organic solvent used
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
18ambient atm289 K
28289 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NAMD2.9(NAMD) Phillips, Braun, Wang, Gumbart, Tajkhorshid, Villa, Chipot, Skeel, Kale and Schulten精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsHydrogen bond constraints total count: 56 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 39 / Protein psi angle constraints total count: 39
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.69 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.193 ° / Maximum upper distance constraint violation: 1.489 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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