PDB-2mmm: Solution structure of the mature form, GK cecropin-like peptide f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mmm

タイトル

Solution structure of the mature form, GK cecropin-like peptide from Ae. aegypti mosquito

要素

K cecropin-like peptide

キーワード

ANTIBIOTIC / antimicrobial peptide / Dengue Virus / Aedes aegypti / Chikungunya

機能・相同性

Cecropin, insect / Cecropin / Cecropin family / antibacterial humoral response / innate immune response / extracellular region / AAEL000598-PA

機能・相同性情報

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model1

データ登録者

Padilla, A. / Misse, D.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Aedesin: structure and antimicrobial activity against multidrug resistant bacterial strains.
著者: Godreuil, S. / Leban, N. / Padilla, A. / Hamel, R. / Luplertlop, N. / Chauffour, A. / Vittecoq, M. / Hoh, F. / Thomas, F. / Sougakoff, W. / Lionne, C. / Yssel, H. / Misse, D.

履歴

登録	2014年3月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mmm.cif.gz	242 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mmm.ent.gz	205.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t42-d 2lzp-d 2keg-d 7at7-d 1l1k-d 1y04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19859

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1)

登録構造単位

A: K cecropin-like peptide

3.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	K cecropin-like peptide 分子量: 3686.565 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment 26-61 of MK / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 遺伝子: CECD, AAEL000598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q17NR1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-15N HSQC
2	4	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	2	2D 1H-13C HSQC
1	6	2	2D 1H-1H TOCSY
1	7	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.784 mM cecropin GK, 50%H2O/50%TFE	50%H2O/50%TFE
2	0.784 mM cecropin GK, 50%D2O/50%TFE	50%D2O/50%TFE

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
0.784 mM	cecropin GK-1	1
0.784 mM	cecropin GK-2	2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.15	7.4	ambient	283 K
2	0.15	7.4	ambient	302 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	collection
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 372 / NOE intraresidue total count: 75 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 127 / NOE sequential total count: 142 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 26 / Protein psi angle constraints total count: 26

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.293 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.029 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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