PDB-2mm0: Solution Structures of active Ptr ToxB and its inactive homolog h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mm0

タイトル

Solution Structures of active Ptr ToxB and its inactive homolog highlight protein dynamics as a modulator of toxin activity

要素

Host-selective toxin protein

キーワード

TOXIN

機能・相同性

Complement Module; domain 1 - #110 / ToxB-like N-terminal, ascomycota / ToxB N-terminal domain / Complement Module; domain 1 / Ribbon / Mainly Beta / Host-selective toxin protein

機能・相同性情報

生物種

Pyrenophora tritici-repentis (菌類)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Nyarko, A. / Singarapu, K. / Figueroa, M. / Manning, V. / Pandelova, I. / Wolpert, T. / Ciuffetti, L. / Barbar, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Solution NMR Structures of Pyrenophora tritici-repentis ToxB and Its Inactive Homolog Reveal Potential Determinants of Toxin Activity.
著者: Nyarko, A. / Singarapu, K.K. / Figueroa, M. / Manning, V.A. / Pandelova, I. / Wolpert, T.J. / Ciuffetti, L.M. / Barbar, E.

履歴

登録	2014年3月6日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mm0.cif.gz	354.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mm0.ent.gz	296.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mm0_validation.pdf.gz	532.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mm0_full_validation.pdf.gz	678.3 KB	表示
XML形式データ	2mm0_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	2mm0_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/2mm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mm2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i61-d 3pni-2 1lph-2 6f1f-3 4pll-2 1pou-d 5vnt-d 3q1j-d 4njc-3 4njc-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19840

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Host-selective toxin protein

6.55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Host-selective toxin protein / ToxB 分子量: 6546.409 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-87 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrenophora tritici-repentis (菌類) 遺伝子: ToxB, ToxB1, ToxB2, ToxB3, ToxB4, ToxB5, ToxB6 / プラスミド: pCM11 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9C173
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HBHA(CO)NH
1	5	1	3D H(CCO)NH
1	6	1	3D C(CO)NH
1	7	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	3D HNCO
1	9	1	3D HN(CA)CB
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 10 mM / 構成要素: sodium phosphate-1
試料状態	イオン強度: 10 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1346 / NOE intraresidue total count: 205 / NOE long range total count: 577 / NOE medium range total count: 182 / NOE sequential total count: 382 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 40

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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