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万見
- PDB-2mlq: Human CCR2 Membrane-Proximal C-Terminal Region (PRO-C) in a froun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mlq
タイトルHuman CCR2 Membrane-Proximal C-Terminal Region (PRO-C) in a frount bound form
要素MCP-1 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / CCR2 / PRO-C / FROUNT
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration ...T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / monocyte extravasation / CCR2 chemokine receptor binding / negative regulation of type 2 immune response / regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of NMDA glutamate receptor activity / Beta defensins / macrophage migration / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of macrophage migration / regulation of T cell cytokine production / neutrophil clearance / chemokine receptor activity / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / positive regulation of T-helper 1 type immune response / inflammatory response to wounding / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of adenylate cyclase activity / cellular homeostasis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / regulation of T cell differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / humoral immune response / hemopoiesis / blood vessel remodeling / cellular defense response / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / response to wounding / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / chemotaxis / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of T cell activation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / perikaryon / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C chemokine receptor type 2 / C-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Esaki, K. / Yoshinaga, S. / Tsuji, T. / Toda, E. / Terashima, Y. / Saitoh, T. / Kohda, D. / Kohno, T. / Osawa, M. / Ueda, T. ...Esaki, K. / Yoshinaga, S. / Tsuji, T. / Toda, E. / Terashima, Y. / Saitoh, T. / Kohda, D. / Kohno, T. / Osawa, M. / Ueda, T. / Shimada, I. / Matsushima, K. / Terasawa, H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the binding of the membrane-proximal C-terminal region of chemokine receptor CCR2 with the cytosolic regulator FROUNT.
著者: Esaki, K. / Yoshinaga, S. / Tsuji, T. / Toda, E. / Terashima, Y. / Saitoh, T. / Kohda, D. / Kohno, T. / Osawa, M. / Ueda, T. / Shimada, I. / Matsushima, K. / Terasawa, H.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCP-1 receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1341
ポリマ－2,1341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MCP-1 receptor / CCR2 / CHEMOKINE_(C-C_MOTIF)_RECEPTOR_2


分子量: 2133.540 Da / 分子数: 1 / 断片: C-Terminal region, UNP Residues 90-105 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCR2 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95950, UniProt: P41597*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1333D CBCA(CO)NH
1433D HN(CA)CB
1533D HBHA(CO)NH
1643D (H)CCH-TOCSY
1752D 1H-15N HSQC
1842D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1800 uM [U-100% 15N] CCR2_Pro-C-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 8 uM FROUNT-4, 5 % [U-100% 2H] D2O-5, 95 % H2O-695% H2O/5% D2O
2800 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCR2_Pro-C-7, 20 mM sodium phosphate-8, 50 mM sodium chloride-9, 8 uM FROUNT-10, 100 % [U-100% 2H] D2O-11100% D2O
3200 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCR2_Pro-C-12, 20 mM sodium phosphate-13, 50 mM sodium chloride-14, 5 % [U-100% 2H] D2O-15, 95 % H2O-1695% H2O/5% D2O
4200 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCR2_Pro-C-17, 20 mM sodium phosphate-18, 50 mM sodium chloride-19, 100 % [U-100% 2H] D2O-20100% D2O
5200 uM [U-100% 15N] CCR2_Pro-C-21, 20 mM sodium phosphate-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % [U-100% 2H] D2O-24, 95 % H2O-2595% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMCCR2_Pro-C-1[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
8 uMFROUNT-41
5 %D2O-5[U-100% 2H]1
95 %H2O-61
800 uMCCR2_Pro-C-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
8 uMFROUNT-102
100 %D2O-11[U-100% 2H]2
200 uMCCR2_Pro-C-12[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate-133
50 mMsodium chloride-143
5 %D2O-15[U-100% 2H]3
95 %H2O-163
200 uMCCR2_Pro-C-17[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate-184
50 mMsodium chloride-194
100 %D2O-20[U-100% 2H]4
200 uMCCR2_Pro-C-21[U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphate-225
50 mMsodium chloride-235
5 %D2O-24[U-100% 2H]5
95 %H2O-255
試料状態pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: GUNTERT, MUMENTHALER / 分類: 精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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