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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mlm | ||||||
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タイトル | Solution structure of sortase A from S. aureus in complex with benzo[d]isothiazol-3-one based inhibitor | ||||||
要素 | Sortase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Sortase; Chain: A; / Sortase / Beta Barrel / Mainly Beta / Chem-2W7 / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model1 | ||||||
データ登録者 | Jaudzems, K. / Zhulenkovs, D. / Leonchiks, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Discovery and structure-activity relationship studies of irreversible benzisothiazolinone-based inhibitors against Staphylococcus aureus sortase A transpeptidase. 著者: Zhulenkovs, D. / Rudevica, Z. / Jaudzems, K. / Turks, M. / Leonchiks, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mlm.cif.gz | 931.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mlm.ent.gz | 811.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mlm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mlm_validation.pdf.gz | 497.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mlm_full_validation.pdf.gz | 645.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mlm_validation.xml.gz | 68.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mlm_validation.cif.gz | 83.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/2mlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/2mlm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16825.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: CA347_2602 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R9YTM5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-2W7 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sortase A-1, 2.4 mM N-(adamantan-1-yl)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-2-yl)-acetamide-2, 5.0 % [U-100% 2H] D2O-3, 2.4 % [U-100% 2H] DMSO-4, 20 mM [U- ...内容: 1.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sortase A-1, 2.4 mM N-(adamantan-1-yl)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-1,2-benzothiazol-2-yl)-acetamide-2, 5.0 % [U-100% 2H] D2O-3, 2.4 % [U-100% 2H] DMSO-4, 20 mM [U-100% 2H] sodium acetate-5, 50 mM sodium chloride-6, 10 mM calcium chloride-7, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1670 / NOE intraresidue total count: 570 / NOE long range total count: 482 / NOE medium range total count: 156 / NOE sequential total count: 462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.0156 Å / Distance rms dev error: 0.0013 Å |