PDB-2mlg: Stf76 from the Sulfolobus islandicus plasmid-virus pSSVx

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mlg

タイトル

Stf76 from the Sulfolobus islandicus plasmid-virus pSSVx

要素

Sulfolobus transcription factor 76 aminoacid protein, Stf76

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / winged helix domain

機能・相同性

Plasmid regulator, Sulfolobaceae / Sulfolobus plasmid regulatory protein / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ORF81

機能・相同性情報

生物種

Fuselloviridae (ウイルス)

手法

溶液NMR / MFR

Model details

closest to the average, model3

データ登録者

Farina, B. / Russo, L. / Fattorusso, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional studies of Stf76 from the Sulfolobus islandicus plasmid-virus pSSVx: a novel peculiar member of the winged helix-turn-helix transcription factor family.
著者: Contursi, P. / Farina, B. / Pirone, L. / Fusco, S. / Russo, L. / Bartolucci, S. / Fattorusso, R. / Pedone, E.

履歴

登録	2014年2月27日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mlg.cif.gz	516.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mlg.ent.gz	433.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mlg_validation.pdf.gz	388.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mlg_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	2mlg_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	2mlg_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/2mlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/2mlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mxd-d 3qo2-4 3hty-7 4x3s-1 1gd4-d 2v1r-2 4x3s-2 2jr6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19821

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfolobus transcription factor 76 aminoacid protein, Stf76

10.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 3000	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Sulfolobus transcription factor 76 aminoacid protein, Stf76 分子量: 10306.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fuselloviridae (ウイルス) 解説: STF76 IS A PROTEIN ENCODED BY THE PLASMID/VIRUS PSSVX. PSSVX BELONGS TO FUSELLOVIRIDAE (TAXON IDENTIFIER: 10474) AND COEXIST IN THE SAME SULFOLOBUS ISLANDICUS REY15/4 HOST (TAXON IDENTIFIER: 930945) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05472*PLUS

#1: タンパク質

Sulfolobus transcription factor 76 aminoacid protein, Stf76

分子量: 10306.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Fuselloviridae (ウイルス)
解説: STF76 IS A PROTEIN ENCODED BY THE PLASMID/VIRUS PSSVX. PSSVX BELONGS TO FUSELLOVIRIDAE (TAXON IDENTIFIER: 10474) AND COEXIST IN THE SAME SULFOLOBUS ISLANDICUS REY15/4 HOST (TAXON IDENTIFIER: 930945)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05472*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D HN(CO)CA
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 100-200 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Stf76, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	uM	Stf76-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	100-200	1
20 mM		sodium phosphate-2			1
50 mM		sodium chloride-3			1
0.02 %		sodium azide-4			1
10 %		D2O-5			1

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
VnmrJ	Varian	collection
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax	構造決定
CS-ROSETTA	Shen, Vernon, Baker and Bax	精密化

精密化

手法: MFR / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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