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万見
- PDB-2mkf: Solution structure of the E81 deletion mutant of the tandem UIMs ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mkf
タイトルSolution structure of the E81 deletion mutant of the tandem UIMs of RAP80
要素BRCA1-A complex subunit RAP80
キーワードSIGNALING PROTEIN / UIM / Ubiquitin-interacting motif / DNA damage response
機能・相同性
機能・相同性情報


BRCA1-A complex / ubiquitin-modified histone reader activity / mitotic G2/M transition checkpoint / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA repair / positive regulation of DNA repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) ...BRCA1-A complex / ubiquitin-modified histone reader activity / mitotic G2/M transition checkpoint / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / response to ionizing radiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA repair / positive regulation of DNA repair / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / double-strand break repair / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRCA1-A complex subunit RAP80 / RAP80, N-terminal / RAP80 N-terminal ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BRCA1-A complex subunit RAP80
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailsclosest to the average, model7
データ登録者Anamika / Markin, C.J. / Rout, M.K. / Spyracopoulos, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular Basis for Impaired DNA Damage Response Function Associated with the RAP80 Delta E81 Defect.
著者: Anamika / Markin, C.J. / Rout, M.K. / Spyracopoulos, L.
履歴
登録2014年2月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年5月21日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRCA1-A complex subunit RAP80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8901
ポリマ－6,8901
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 BRCA1-A complex subunit RAP80 / Receptor-associated protein 80 / Retinoid X receptor-interacting protein 110 / Ubiquitin ...Receptor-associated protein 80 / Retinoid X receptor-interacting protein 110 / Ubiquitin interaction motif-containing protein 1


分子量: 6889.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UIM 1-2 (UNP residues 74-131) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UIMC1, RAP80, RXRIP110 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RL1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
2323D CBCA(CO)NH
2423D HN(CA)CB
2523D HNCO
2623D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 15N] deltaE81-RAP80-tUIM, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] deltaE81-RAP80-tUIM, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMdeltaE81-RAP80-tUIM-1[U-100% 15N]0.5-11
mMdeltaE81-RAP80-tUIM-2[U-100% 13C; U-100% 15N]0.5-12
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11507.3ambient 278 K
21507.3ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMR constraintsNOE constraints total: 120 / NOE intraresidue total count: 56 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 7 / NOE sequential total count: 57 / Protein chi angle constraints total count: 14 / Protein phi angle constraints total count: 56 / Protein psi angle constraints total count: 56
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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