PDB-2mk3: Solution NMR structure of gp41 ectodomain monomer on a DPC micelle

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mk3

タイトル

Solution NMR structure of gp41 ectodomain monomer on a DPC micelle

要素

Transmembrane glycoprotein, chimeric construct

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV-1 ENV / membrane fusion / gp41 ectodomain / pre-hairpin / CoreS

機能・相同性

Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transmembrane glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model1

データ登録者

Roche, J. / Louis, J.M. / Grishaev, A. / Ying, J. / Bax, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Dissociation of the trimeric gp41 ectodomain at the lipid-water interface suggests an active role in HIV-1 Env-mediated membrane fusion.
著者: Roche, J. / Louis, J.M. / Grishaev, A. / Ying, J. / Bax, A.

履歴

登録	2014年1月23日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mk3.cif.gz	432.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mk3.ent.gz	368 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/2mk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/2mk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6cfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19750

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transmembrane glycoprotein, chimeric construct

8.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Transmembrane glycoprotein, chimeric construct 分子量: 8293.226 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 93-126; unp residues 138-165 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWW0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HN(CA)CB
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D 1H-15N NOESY
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	2D 1H-1H NOESY
1	6	2	2D 1H-15N Artsy
1	7	2	2D 1H-15N TROSY-HSQC
1	8	2	3D HNCO

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	100 mM [U-99% 2H] DPC, 50 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O	93% H2O/7% D2O
2	100 mM [U-99% 2H] DPC, 50 mM potassium phosphate, 93% H2O/7% D2O	93% H2O/7% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
100 mM	DPC-1	[U-99% 2H]	1
50 mM	sodium phosphate-2		1
100 mM	DPC-3	[U-99% 2H]	2
50 mM	potassium phosphate-4		2

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	3
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.34	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH			精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 465 / NOE intraresidue total count: 48 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 186 / NOE sequential total count: 231 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 57 / Protein psi angle constraints total count: 57

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

Average torsion angle constraint violation: 3.6 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 8.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.55 Å / Torsion angle constraint violation method: TalosN

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.08 Å / Distance rms dev error: 0.01 Å

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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