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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mk3 | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of gp41 ectodomain monomer on a DPC micelle | ||||||
要素 | Transmembrane glycoprotein, chimeric construct | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 ENV / membrane fusion / gp41 ectodomain / pre-hairpin / CoreS | ||||||
機能・相同性 | Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transmembrane glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model1 | ||||||
データ登録者 | Roche, J. / Louis, J.M. / Grishaev, A. / Ying, J. / Bax, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Dissociation of the trimeric gp41 ectodomain at the lipid-water interface suggests an active role in HIV-1 Env-mediated membrane fusion. 著者: Roche, J. / Louis, J.M. / Grishaev, A. / Ying, J. / Bax, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mk3.cif.gz | 432.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mk3.ent.gz | 368 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mk3_validation.pdf.gz | 393.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mk3_full_validation.pdf.gz | 506.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mk3_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mk3_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/2mk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/2mk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8293.226 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 93-126; unp residues 138-165 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWW0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.05 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 465 / NOE intraresidue total count: 48 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 186 / NOE sequential total count: 231 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 57 / Protein psi angle constraints total count: 57 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | Average torsion angle constraint violation: 3.6 ° コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 8.4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.55 Å / Torsion angle constraint violation method: TalosN | ||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.08 Å / Distance rms dev error: 0.01 Å |