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万見
- PDB-2mjz: Capsid model of M13 bacteriophage virus from Magic-angle spinning... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mjz
タイトルCapsid model of M13 bacteriophage virus from Magic-angle spinning NMR and Rosetta modeling
要素Capsid protein G8P
キーワードVIRAL PROTEIN / molecular assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ)
手法個体NMR / Fold-and-dock
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Morag, O. / Sgourakis, N.G. / Baker, D. / Goldbourt, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The NMR-Rosetta capsid model of M13 bacteriophage reveals a quadrupled hydrophobic packing epitope.
著者: Morag, O. / Sgourakis, N.G. / Baker, D. / Goldbourt, A.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22015年1月21日Group: Other
改定 1.32015年2月4日Group: Database references
改定 1.42015年2月11日Group: Database references
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein G8P
B: Capsid protein G8P
C: Capsid protein G8P
D: Capsid protein G8P
E: Capsid protein G8P
F: Capsid protein G8P
G: Capsid protein G8P
H: Capsid protein G8P
I: Capsid protein G8P
J: Capsid protein G8P
K: Capsid protein G8P
L: Capsid protein G8P
M: Capsid protein G8P
N: Capsid protein G8P
O: Capsid protein G8P
P: Capsid protein G8P
Q: Capsid protein G8P
R: Capsid protein G8P
S: Capsid protein G8P
T: Capsid protein G8P
U: Capsid protein G8P
V: Capsid protein G8P
W: Capsid protein G8P
X: Capsid protein G8P
Y: Capsid protein G8P
Z: Capsid protein G8P
a: Capsid protein G8P
b: Capsid protein G8P
c: Capsid protein G8P
d: Capsid protein G8P
e: Capsid protein G8P
f: Capsid protein G8P
g: Capsid protein G8P
h: Capsid protein G8P
i: Capsid protein G8P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,50535
ポリマ－183,50535
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)3 / 5000target function
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS A CLASS 1 SYMMETRY (C5S2). THERE IS A 5-FOLD CIRCULAR SYMMETRY AROUND THE VIRAL AXIS (Z COORDINATE) WITH THE FOLLOWING PARAMETERS: MODEL 1: ROTATION PER PENTAMER (TWIST) = 36.6 DEGREES RISE PER PENTAMER (HEIGHT) = 16.7 ANGSTROMS. MODEL 2: ROTATION PER PENTAMER (TWIST) = 36.1 DEGREES RISE PER PENTAMER (HEIGHT) = 16.7 ANGSTROMS. MODEL 3: ROTATION PER PENTAMER (TWIST) = 36.4 DEGREES RISE PER PENTAMER (HEIGHT) = 16.6 ANGSTROMS.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Capsid protein G8P / Coat protein B / Gene 8 protein / G8P / M13 procoat / Major coat protein


分子量: 5243.014 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
株: M13KO7 / 遺伝子: VIII / 参照: UniProt: P69541

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
詳細: Solid-state NMR structure of an intact M13 bacteriophage capsid
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NCA
1212D NCO
1312D DARR
1422D CORD
1532D CORD
1612D RFDR
1713D NCOCX
1813D NCACX
1922D DARR
11032D DARR
NMR実験の詳細Text: IN THE PDB FILE THE 35 SUBUNITS MODELED ARE REPRESENTED AS CHAINS NUMBERED FROM A-Z, a-i. THE NOTATION WE USED IN THE PAPER FOR DESCRIBING THE CAPSID ARRANGEMENT IS BASED ON THE PENTAMER ...Text: IN THE PDB FILE THE 35 SUBUNITS MODELED ARE REPRESENTED AS CHAINS NUMBERED FROM A-Z, a-i. THE NOTATION WE USED IN THE PAPER FOR DESCRIBING THE CAPSID ARRANGEMENT IS BASED ON THE PENTAMER SYMMETRY; EACH SUBUNIT PNM IS GIVEN TWO INDICES, WHERE THE INDEX N INDICATES THE PENTAMER NUMBER (N BETWEEN 1-7 WHERE N=1 CORRESPONDS TO THE C-TERMINAL PART) AND M INDICATES THE IDENTITY OF THE SUBUNIT WITHIN EACH PENTAMER(M=1-5). THE TRANSFORMATION FROM THE PAPER'S NOTATION TO THE RESPECTIVE PDB CHAINS IS AS FOLLOWS: P11 J P12 K P13 L P14 M P15 N P21 O P22 P P23 Q P24 R P25 S P31 T P32 U P33 V P34 W P35 X P41 Y P42 Z P43 a P44 b P45 c P51 d P52 e P53 f P54 g P55 h P61 i P62 A P63 B P64 C P65 D P71 E P72 F P73 G P74 H P75 I

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
112 mg [U-99% 13C; U-99% 15N] M13 bacteriophage
28 mg [2-13C, 99%]- glycerol, [15N-U, 99%], [13C,99%] Sodium bicarbonate M13 bacteriophage
310 mg [1,3-13C2, 99%]- glycerol, [15N-U, 99%] M13 bacteriophage
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
12 mg/mLM13 bacteriophage-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
8 mg/mLM13 bacteriophage-2[2-13C, 99%]- glycerol, [15N-U, 99%], [13C,99%] Sodium bicarbonate2
10 mg/mLM13 bacteriophage-3[1,3-13C2, 99%]- glycerol, [15N-U, 99%]3
試料状態イオン強度: 5 / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospinデータ解析
NMRPipe2012.090.12.09Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
RosettaShen, Vernon, Baker and Bax精密化
精密化手法: Fold-and-dock / ソフトェア番号: 1
詳細: magic angle spinning, backbone fragment-based Monte Carlo trials followed by combinatorial sidechain packing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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