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万見
- PDB-2mjv: Solution structures of second bromodomain of Brd4 with di-acetyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mjv
タイトルSolution structures of second bromodomain of Brd4 with di-acetylated Twist peptide
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Twist-related protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / tumorigenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic camera-type eye formation / cell proliferation involved in heart valve development / positive regulation of endocardial cushion to mesenchymal transition involved in heart valve formation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cranial suture morphogenesis / negative regulation of double-strand break repair / negative regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of macrophage cytokine production ...embryonic camera-type eye formation / cell proliferation involved in heart valve development / positive regulation of endocardial cushion to mesenchymal transition involved in heart valve formation / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / cranial suture morphogenesis / negative regulation of double-strand break repair / negative regulation of skeletal muscle tissue development / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of macrophage cytokine production / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / bHLH transcription factor binding / mitral valve morphogenesis / developmental process / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / eyelid development in camera-type eye / E-box binding / regulation of bone mineralization / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / embryonic forelimb morphogenesis / aortic valve morphogenesis / outer ear morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / positive regulation of cell motility / muscle organ development / endocardial cushion morphogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of osteoblast differentiation / roof of mouth development / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ossification / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epithelial cell proliferation / energy homeostasis / negative regulation of miRNA transcription / transcription coregulator binding / neural tube closure / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / cellular response to growth factor stimulus / histone deacetylase binding / positive regulation of interleukin-6 production / osteoblast differentiation / rhythmic process / positive regulation of angiogenesis / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / toxin activity / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Amanitin/phalloidin toxin / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...: / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Amanitin/phalloidin toxin / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amanitin proprotein 1 / Twist-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Zeng, L. / Zhou, M.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: Disrupting the Interaction of BRD4 with Diacetylated Twist Suppresses Tumorigenesis in Basal-like Breast Cancer.
著者: Shi, J. / Wang, Y. / Zeng, L. / Wu, Y. / Deng, J. / Zhang, Q. / Lin, Y. / Li, J. / Kang, T. / Tao, M. / Rusinova, E. / Zhang, G. / Wang, C. / Zhu, H. / Yao, J. / Zeng, Y.X. / Evers, B.M. / Zhou, M.M. / Zhou, B.P.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twist-related protein 1
B: Bromodomain-containing protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1432
ポリマ－16,1432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Twist-related protein 1 / Class A basic helix-loop-helix protein 38 / bHLHa38 / H-twist


分子量: 1300.465 Da / 分子数: 1 / 断片: peptide (UNP residues 68-79) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15672
#2: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1


分子量: 14842.058 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain 2 (UNP residues 333-460) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 参照: UniProt: O60885

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D HN(CA)CB
1223D HN(COCA)CB
1323D 1H-15N NOESY
1423D 1H-15N TOCSY
1513D 1H-13C NOESY aliphatic
1613D 1H-13C NOESY aromatic
1713D 13C-edited 13C/15N-filtered NOESY aromatic
1813D 13C-edited 13C/15N-filtered NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM [U-100% 2H] DTT, 100 mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
25 mM [U-100% 2H] DTT, 100 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMDTT-1[U-100% 2H]1
100 mMsodium phosphate-21
5 mMDTT-3[U-100% 2H]2
100 mMsodium phosphate-42
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRPipe7.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift calculation
NMRPipe7.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.04Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, DGSA-distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3189 / NOE intraresidue total count: 1032 / NOE long range total count: 823 / NOE medium range total count: 688 / NOE sequential total count: 646 / Protein phi angle constraints total count: 79 / Protein psi angle constraints total count: 79
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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