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- PDB-2mjt: Anoplin R5F T8W in DPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mjt
タイトルAnoplin R5F T8W in DPC micelles
要素Anoplin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / amphipathic helix
機能・相同性defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / dodecyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / Anoplin
機能・相同性情報
生物種Anoplius samariensis (オオモンクロクモバチ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Uggerhoej, L. / Poulsen, T.J. / Wimmer, R.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Rational Design of Alpha-Helical Antimicrobial Peptides: Do's and Don'ts.
著者: Uggerhj, L.E. / Poulsen, T.J. / Munk, J.K. / Fredborg, M. / Sondergaard, T.E. / Frimodt-Moller, N. / Hansen, P.R. / Wimmer, R.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anoplin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,07667
ポリマ－1,2311
非ポリマー22,84566
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Anoplin / As-183


分子量: 1230.607 Da / 分子数: 1 / 変異: R5F, T8W / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Anoplius samariensis (オオモンクロクモバチ)
参照: UniProt: P0C005
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物...
ChemComp-DPV / dodecyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / dodecylphosphocholine


分子量: 351.462 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H38NO4P

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1412D 1H-13C HSQC aliphatic
1512D 1H-13C HSQC aromatic
162pseudo-3D-inversion recovery weighted NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM anoplin, 150 mM [U-98% 2H] DODECYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE, 10 mM potassium phosphate, 2 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
23 mM anoplin, 150 mM [U-98% 2H] DODECYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE, 10 mM potassium phosphate, 2 mM sodium azide, 0-10 mM Gd(DTPA-BMA), 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
3 mManoplin-11
150 mMDODECYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE-2[U-98% 2H]1
10 mMpotassium phosphate-31
2 mMsodium azide-41
3 mManoplin-52
150 mMDODECYL 2-(TRIMETHYLAMMONIO)ETHYL PHOSPHATE-6[U-98% 2H]2
10 mMpotassium phosphate-72
2 mMsodium azide-82
mMGd(DTPA-BMA)-90-102
試料状態イオン強度: 0.015 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
YASARAYasara Biosciences精密化
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE ORIENTATION OF THE PEPTIDE WITHIN THE MICELLE WAS DETERMINED FROM EXPERIMENTAL DATA (PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENTS). THE RESTRAINT FILE CONTAINS DISTANCE RESTRAINTS FROM PEPTIDE ...詳細: THE ORIENTATION OF THE PEPTIDE WITHIN THE MICELLE WAS DETERMINED FROM EXPERIMENTAL DATA (PARAMAGNETIC RELAXATION ENHANCEMENTS). THE RESTRAINT FILE CONTAINS DISTANCE RESTRAINTS FROM PEPTIDE ATOMS TO THE MICELLE CENTER, WHICH IS REPRESENTED AS THE PSEUDOATOM X, RESIDUE UNX. FIRST STEP: IN VACUO WITH NOVA FORCE FIELD. SECOND STEP: IN EXPLICIT SOLVENT (WATER/MICELLE) WITH YASARA FORCE FIELD.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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