PDB-2mj9: Designed Exendin-4 analogues

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mj9

タイトル

Designed Exendin-4 analogues

要素

Exendin-4

キーワード

TOXIN (毒素) /

alpha helix (Αヘリックス) / Trp-cage

機能・相同性

Glucagon/GIP/secretin/VIP /

ペプチドホルモン / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones /

hormone activity /

血圧 /

toxin activity / extracellular region / Exendin-4

機能・相同性情報

生物種

Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

Model details

lowest energy, model2

データ登録者

Rovo, P. / Farkas, V. / Straner, P. / Szabo, M. / Jermendy, A. / Hegyi, O. / Toth, G.K. / Perczel, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Rational design of alpha-helix-stabilized exendin-4 analogues.
著者: Rovo, P. / Farkas, V. / Straner, P. / Szabo, M. / Jermendy, A. / Hegyi, O. / Toth, G.K. / Perczel, A.

履歴

登録	2013年12月30日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mj9.cif.gz	119 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mj9.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/2mj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/2mj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jrj
類似構造データ	2mz7-d 2m7x-d 2rm9-d 3odv-d 6ekb-d 4h8m-d 1kks-d 3ra3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19712

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Exendin-4

4.31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Exendin-4 分子量: 4307.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Heloderma suspectum (アメリカドクトカゲ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26349*PLUS
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	COSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5-1 mM E19-1, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: E19-1 / Conc. range: 0.5-1
試料状態	pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software	名称: CNS / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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