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万見
- PDB-2m7x: Structural and Functional Analysis of Transmembrane Segment IV of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m7x
タイトルStructural and Functional Analysis of Transmembrane Segment IV of the Salt Tolerance Protein Sod2
要素Na(+)/H(+) antiporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / sod2 / transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane of cell tip / proton export across plasma membrane / intracellular pH reduction / prospore membrane / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / sodium:proton antiporter activity / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / intracellular potassium ion homeostasis / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network ...plasma membrane of cell tip / proton export across plasma membrane / intracellular pH reduction / prospore membrane / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / sodium:proton antiporter activity / sodium ion export across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / intracellular potassium ion homeostasis / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / sodium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of membrane potential / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter, fungi / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ullah, A. / Kemp, G. / Lee, B. / Alves, C. / Young, H. / Sykes, B.D. / Fliegel, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of Transmembrane Segment IV of the Salt Tolerance Protein Sod2.
著者: Ullah, A. / Kemp, G. / Lee, B. / Alves, C. / Young, H. / Sykes, B.D. / Fliegel, L.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32016年10月12日Group: Structure summary
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9931
ポリマ－3,9931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Na(+)/H(+) antiporter


分子量: 3992.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 解説: Maltose Binding Protein fusion / 遺伝子: sod2, SPAC977.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P36606

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR solution model of transmembrane segment IV Sod2 in organic solvent
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY-HSQC
1313D 1H-15N TOCSY-HSQC
1413D HNHA

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試料調製

詳細内容: 0.2-0.7 mM [U-99% 15N] Sod2, 50 v/v CDCl3, 50 v/v 2-propanol, CDCl3/2-propanol
溶媒系: CDCl3/2-propanol
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-99% 15N]0.2-0.71
50 v/vCDCl3-21
50 v/v2-propanol-31
試料状態イオン強度: not measured / 圧: ambient / 温度: 303.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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