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万見
- PDB-2mii: NMR structure of E. coli LpoB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mii
タイトルNMR structure of E. coli LpoB
要素Penicillin-binding protein activator LpoB
キーワードPROTEIN BINDING / LpoB / PBP1B activator / peptidoglycan synthesis
機能・相同性ABC-type transport auxiliary lipoprotein component / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Jean, N.L. / Egan, A.J.F. / Koumoutsi, A. / Bougault, C.M. / Typas, A. / Vollmer, W. / Simorre, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Outer-membrane lipoprotein LpoB spans the periplasm to stimulate the peptidoglycan synthase PBP1B.
著者: Egan, A.J. / Jean, N.L. / Koumoutsi, A. / Bougault, C.M. / Biboy, J. / Sassine, J. / Solovyova, A.S. / Breukink, E. / Typas, A. / Vollmer, W. / Simorre, J.P.
履歴
登録2013年12月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein activator LpoB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7701
ポリマ－20,7701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 750structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein activator LpoB / PBP activator LpoB


分子量: 20770.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ycfM, lpoB, ECDH10B_1177 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1XA15

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Ensemble of 20 NMR structures of E. coli LpoB after refinement in water
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CO
1413D BEST-HN(CA)CB
1513D BEST-HN(CO)CACB
1613D HN(COCA)N(H)
1712D Pro-HN(COCAN)
1812D Pro-iHN(CAN)
1912D 1H-13C HSQC aliphatic
11012D 1H-13C HSQC aromatic
11112D methyl 1H-13C-CT-HSQC
11212D 1H-15N HMQC optimized for His sidechains
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D H(CCO)NH
11513D C(CO)NH
11613D 1H-15N NOESY
11713D 1H-13C NOESY aliphatic
11813D 1H-13C NOESY aromatic
11913D methyl 1H-13C NOESY
1201Heteronuclear 1H-15N NOE

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LpoB, 100.0 mM CH3COOH/CH3COONa buffer, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMLpoB-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100.0 mMCH3COOH/CH3COONa buffer-21
試料状態イオン強度: 0.100 / pH: 5.000 / 圧: 1.000 atm / 温度: 308.000 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian vnmrsVarianvnmrs8001
Varian vnmrsVarianvnmrs6002
Bruker US2BrukerUS29503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CcpNmr Analysis2.2CCPNデータ解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu, and Ad Baxデータ解析
Unio10'2.0.2Torsten Herrmann構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 5138 / NOE intraresidue total count: 1255 / NOE long range total count: 1240 / NOE medium range total count: 575 / NOE sequential total count: 779 / Protein phi angle constraints total count: 124 / Protein psi angle constraints total count: 124
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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