PDB-2mia: Solution structure of allatide C4, conformation 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mia

タイトル

Solution structure of allatide C4, conformation 2

要素

alpha amylase inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR

機能・相同性

Alpha amylase inhibitor allatide C4

機能・相同性情報

生物種

Allamanda cathartica (アリアケカズラ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

closest to the average, model1

データ登録者

Bai, Y. / Pervushin, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Allotides: Proline-rich Cystine Knot alpha-Amylase Inhibitors from the Allamanda cathartica
著者: Nguyen, P. / Luu, T. / Bai, Y. / Nguyen, G. / Pervushin, K. / Tam, J.

履歴

登録	2013年12月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月25日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mia.cif.gz	202.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mia.ent.gz	169.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mia_validation.pdf.gz	365.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mia_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	2mia_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	2mia_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/2mia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mi9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nag-d 2mi9-d 6nk9-d 2mau-d 2fqa-d 1n1u-d 6cei-d 5fzv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18999

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alpha amylase inhibitor

3.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	alpha amylase inhibitor 分子量: 3299.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Allamanda cathartica (アリアケカズラ) 参照: UniProt: U5JE23*PLUS
Has protein modification	Y
配列の詳細	A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5-1 mM entity-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: entity-1 / Conc. range: 0.5-1
試料状態	pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 3

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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