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- PDB-2mh3: NMR structure of the basic helix-loop-helix region of the transcr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mh3
タイトルNMR structure of the basic helix-loop-helix region of the transcriptional repressor HES-1
要素Transcription factor HES-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / bHLH
機能・相同性
機能・相同性情報


trochlear nerve development / stomach neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of stomach neuroendocrine cell differentiation / N-box binding / comma-shaped body morphogenesis / S-shaped body morphogenesis / renal interstitial fibroblast development / negative regulation of cell fate determination / negative regulation of pancreatic A cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic ...trochlear nerve development / stomach neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of stomach neuroendocrine cell differentiation / N-box binding / comma-shaped body morphogenesis / S-shaped body morphogenesis / renal interstitial fibroblast development / negative regulation of cell fate determination / negative regulation of pancreatic A cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of timing of neuron differentiation / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / common bile duct development / negative regulation of amacrine cell differentiation / ureteric bud morphogenesis / pancreatic A cell differentiation / hindbrain morphogenesis / lateral inhibition / ascending aorta morphogenesis / cardiac neural crest cell development involved in outflow tract morphogenesis / amacrine cell differentiation / glomerulus vasculature development / oculomotor nerve development / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / metanephric nephron tubule morphogenesis / negative regulation of calcium ion import / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / vascular associated smooth muscle cell development / adenohypophysis development / Cajal-Retzius cell differentiation / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / pharyngeal arch artery morphogenesis / establishment of epithelial cell polarity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / HLH domain binding / inner ear receptor cell stereocilium organization / response to thyroid hormone / inner ear auditory receptor cell differentiation / telencephalon development / neuronal stem cell population maintenance / positive regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / forebrain radial glial cell differentiation / cell fate determination / JUN kinase binding / response to alkaloid / positive regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of epithelial cell proliferation / embryonic heart tube morphogenesis / cellular response to fatty acid / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / regulation of fat cell differentiation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / artery morphogenesis / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / labyrinthine layer blood vessel development / positive regulation of DNA binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of glial cell proliferation / ventricular septum development / smoothened signaling pathway / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of Notch signaling pathway / midbrain development / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / E-box binding / outflow tract morphogenesis / cochlea development / cellular response to interleukin-1 / somatic stem cell population maintenance / regulation of neurogenesis / regulation of protein-containing complex assembly / BMP signaling pathway / T cell proliferation / cell maturation / Notch signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / lung development / thymus development / transcription corepressor binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of forebrain neuron differentiation / liver development / cellular response to nerve growth factor stimulus / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / cell migration / nervous system development
類似検索 - 分子機能
Orange domain / : / Hairy Orange / Orange domain profile. / Orange domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Orange domain / : / Hairy Orange / Orange domain profile. / Orange domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor HES-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics
データ登録者Wienk, H. / Popovic, M. / Coglievina, M. / Boelens, R. / Pongor, S. / Pintar, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: The basic helix-loop-helix region of the transcriptional repressor hairy and enhancer of split 1 is preorganized to bind DNA.
著者: Popovic, M. / Wienk, H. / Coglievina, M. / Boelens, R. / Pongor, S. / Pintar, A.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor HES-1
B: Transcription factor HES-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4552
ポリマ－16,4552
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor HES-1 / Class B basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHb39 / Hairy and enhancer of split 1 / Hairy homolog ...Class B basic helix-loop-helix protein 39 / bHLHb39 / Hairy and enhancer of split 1 / Hairy homolog / Hairy-like protein / hHL


分子量: 8227.726 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HES1, BHLHB39, HL, HRY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14469

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111triple resonance assignment
121relaxation
131DNA titration
141NOESY

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試料調製

詳細内容: 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CCPN_ANALYSISCCPNchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxデータ解析
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CINGVuister et al.データ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: restrained molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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