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万見
- PDB-2mgn: Solution structure of a G-quadruplex bound to the bisquinolinium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mgn
タイトルSolution structure of a G-quadruplex bound to the bisquinolinium compound Phen-DC3
要素5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA / ligand / c-MYC promoter
機能・相同性Chem-PQ3 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Chung, W.J. / Heddi, B. / Hamon, F. / Teulade-Fichou, M.P. / Phan, A.T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Solution Structure of a G-quadruplex Bound to the Bisquinolinium Compound Phen-DC3.
著者: Chung, W.J. / Heddi, B. / Hamon, F. / Teulade-Fichou, M.P. / Phan, A.T.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月15日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2432
ポリマ－7,6921
非ポリマー5511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*G)-3'


分子量: 7691.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-PQ3 / N2,N9-bis(1-methylquinolin-3-yl)-1,10-phenanthroline-2,9-dicarboxamide / Phen-DC3


分子量: 550.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H26N6O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-1H NOESY
2232D 1H-1H NOESY
2332D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-13C HSQC
1522D 13C-filtered HSQC-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2-2.0 mM DNA, 0.2-2.0 mM PQ3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM DNA, 1.0 mM [U-100% 13C]-CH3 PQ3, 100% D2O100% D2O
30.2-2.0 mM DNA, 0.2-2.0 mM PQ3, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMDNA-10.2-21
mMPQ3-20.2-21
1 mMDNA-32
1 mMPQ3-4[U-100% 13C]-CH32
mMDNA-50.2-23
mMPQ3-60.2-23
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
1907298 K
2457298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX6001
Bruker AMXBrukerAMX7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmangeometry optimization
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: Extracted distances from structure of free DNA (PDB entry 2A5P) were used during calculation
NMR constraintsNA chi-angle constraints total count: 24 / NOE constraints total: 111
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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