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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mfs | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of the cactus-derived antimicrobial peptide Ep-AMP1 | ||||||
要素 | Ep-AMP1 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / cystine-knot | ||||||
生物種 | Synthetic (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
データ登録者 | Rosengren, K. / Goransson, U. / Gunasekera, S. / Aboye, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: A cactus-derived toxin-like cystine knot Peptide with selective antimicrobial activity. 著者: Aboye, T.L. / Stromstedt, A.A. / Gunasekera, S. / Bruhn, J.G. / El-Seedi, H. / Rosengren, K.J. / Goransson, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mfs.cif.gz | 189 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mfs.ent.gz | 158.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mfs_validation.pdf.gz | 527 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mfs_full_validation.pdf.gz | 627.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mfs_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mfs_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mfs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3611.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide was assembled using standard Fmoc based solid phase peptide synthesis. 由来: (合成) Synthetic (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Simulated annealing followed by refinement and energy minimization in explicit solvent. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 347 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 142 / NOE medium range total count: 51 / NOE sequential total count: 154 / Hydrogen bond constraints total count: 30 / Protein chi angle constraints total count: 7 / Protein phi angle constraints total count: 23 / Protein psi angle constraints total count: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |