PDB-1c6w: MAUROCALCIN FROM SCORPIO MAURUS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c6w

タイトル

MAUROCALCIN FROM SCORPIO MAURUS

要素

MAUROCALCIN

キーワード

TOXIN / SCORPION TOXIN / RYANODINE RECEPTOR EFFECTOR

機能・相同性

Scorpion calcine / Scorpion calcine family / Scorpion calcine family signature. / calcium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Maurocalcin

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Mosbah, A. / Kharrat, R. / Fajloun, Z. / Renisio, J.-G. / Blanc, E. / Sabatier, J.-M. / Ayeb, M. / Darbon, H.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: A new fold in the scorpion toxin family, associated with an activity on a ryanodine-sensitive calcium channel.
著者: Mosbah, A. / Kharrat, R. / Fajloun, Z. / Renisio, J.G. / Blanc, E. / Sabatier, J.M. / El Ayeb, M. / Darbon, H.

履歴

登録	1999年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c6w.cif.gz	267.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c6w.ent.gz	223.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/1c6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jic-d 1ha9-d 2mfs-d 2b5b-d 6ava-1 1bkt-d 3lo4-2 2idh-2 3lvx-2 2l9x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAUROCALCIN

3.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 25	TARGET FUNCTION, VIOLATIONS, GEOMETRY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	MAUROCALCIN / MCA 分子量: 3876.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN SCORPIO MAURUS (MOOR SCORPION) 参照: UniProt: P60254*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	NOESY
1	3	1	COSY

-
試料調製

試料状態	pH: 3 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
DIANA		構造決定

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 200 STEPS ENERGY MINIMIZATION (10 CYCLES PER STEP)

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TARGET FUNCTION, VIOLATIONS, GEOMETRY
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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