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万見
- PDB-2mfk: NMR solution structure of chitin-binding domain from dust mite gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mfk
タイトルNMR solution structure of chitin-binding domain from dust mite group XII allergen Blo t 12
要素Blo 1 12
キーワードALLERGEN / Chitin-binding Domain
機能・相同性Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / chitin binding / extracellular region / Major allergen Blo t 12
機能・相同性情報
生物種Blomia tropicalis (ダニ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Naik, M.T. / Kung, C.C.-H. / Huang, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of Blo 1 12 CBD domain.
著者: Naik, M.T. / Kung, C.C.-H. / Huang, T.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blo 1 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5291
ポリマ－7,5291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Blo 1 12


分子量: 7528.647 Da / 分子数: 1 / 断片: Chitin-binding domain (CBD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blomia tropicalis (ダニ) / 遺伝子: Blo t 12.0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q17282*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細FIRST FIVE RESIDUES (GPLGS) ARE EXPRESSION TAGS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The data deposited under this entry was used to solve structure of chitin-binding domain of allergen Blo t 12. The structure describes Blo t 12.0102 isoform identified from the mites found in Singapore.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D CC(CO)NH
1913D (H)CCH-COSY
11013D HBHA(CO)NH
11112D-(HB)CB(CGCD)HD
11213D 1H-13C NOESYHSQC
11313D 1H-15N NOESYHSQC
11432D 1H-15N IPAP HSQC
NMR実験の詳細Text: NMR data was acquired at 295K using Shigemi NMR tubes.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Blo t 12 CBD-1, 50 mM potassium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] Blo t 12 CBD-4, 50 mM potassium phosphate-5, 100 mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 15N] Blo t 12 CBD-7, 50 mM potassium phosphate-8, 100 mM sodium chloride-9, 11 mg/ml Pf1 phage-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMBlo t 12 CBD-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
1 mMBlo t 12 CBD-4[U-100% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
1 mMBlo t 12 CBD-7[U-100% 15N]3
50 mMpotassium phosphate-83
100 mMsodium chloride-93
11 mg/mLPf1 phage-103
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
TopSpin3Bruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
PSVS1.5Bhattacharya and Montelione構造検証
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structure ensemble was calculated by semi-automated NOESY assignment by CYANA. The assignments were manually verified in Sparky and final structure annealing was performed in CYANA. ...詳細: Initial structure ensemble was calculated by semi-automated NOESY assignment by CYANA. The assignments were manually verified in Sparky and final structure annealing was performed in CYANA. Structure and restraints from CYANA were imported in Xplor-NIH for explicit water refinement.
NMR constraintsNOE constraints total: 1207 / NOE intraresidue total count: 264 / NOE long range total count: 468 / NOE medium range total count: 119 / NOE sequential total count: 356 / Disulfide bond constraints total count: 6 / Hydrogen bond constraints total count: 52 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 47 / Protein psi angle constraints total count: 47
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.17643 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 6.2 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.41 Å / 代表コンフォーマー: 1 / Torsion angle constraint violation method: PSVS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01981 Å / Distance rms dev error: 0.01948 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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