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万見
- PDB-2mfd: The Solution Structure of a cGCUUAg RNA Pentaloop from Bovine Ent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mfd
タイトルThe Solution Structure of a cGCUUAg RNA Pentaloop from Bovine Enterovirus Vir404/03
要素5'-R(P*GP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*UP*C)-3'
キーワードRNA / 5'-NTR / cloverleaf
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Bovine enterovirus type 1 (エンテロウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Ihle, Y. / Zell, R. / Gorlach, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Solution Structure of a cGCUUAg RNA Pentaloop from Bovine Enterovirus Vir 404/03
著者: Ihle, Y. / Zell, R. / Gorlach, M.
履歴
登録2013年10月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*UP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0711
ポリマ－6,0711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*GP*CP*GP*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*AP*GP*AP*AP*CP*GP*UP*C)-3'


分子量: 6070.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Bovine enterovirus type 1 (エンテロウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HSQC aliphatic
1212D 1H-13C HSQC aromatic
1312D 1H-1H COSY
1412D 1H-1H NOESY
1512D DQF-COSY
1612D 1H-1H TOCSY
1722D HcncH + 2D (H)CCH-COSY
1822D HcnH + 2D (H)CCH-TOCSY
1923D (H)CCH-COSY
11023D 1H-13C NOESY aliphatic
11123D 1H-13C NOESY aromatic
21212D 1H-1H NOESY
21322D 1H-13C HSQC aliphatic
21422D 1H-13C HSQC aromatic
21512D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM BEVSLD5, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BEVSLD5, 10 mM potassium phosphate, 40 mM potassium chloride, 0.2 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMBEVSLD5-11
10 mMpotassium phosphate-21
40 mMpotassium chloride-31
0.2 mMEDTA-41
0.9 mMBEVSLD5-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMpotassium phosphate-62
40 mMpotassium chloride-72
0.2 mMEDTA-82
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1506.2ambient 293 K
2506.2ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA1.5.5Rochus Kellerchemical shift assignment
CARA1.5.5Rochus Kellerpeak picking
CYANA1.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in water based on ARIA scripts
NMR constraintsNA alpha-angle constraints total count: 18 / NA beta-angle constraints total count: 18 / NA chi-angle constraints total count: 19 / NA delta-angle constraints total count: 19 / NA epsilon-angle constraints total count: 18 / NA gamma-angle constraints total count: 19 / NA other-angle constraints total count: 18 / NA sugar pucker constraints total count: 19 / NOE constraints total: 587 / NOE intraresidue total count: 268 / NOE long range total count: 59 / NOE medium range total count: 17 / NOE sequential total count: 243 / Hydrogen bond constraints total count: 36
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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