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万見
- PDB-2mf9: Solution structure of the N-terminal domain of human FKBP38 (FKBP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mf9
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of human FKBP38 (FKBP38NTD)
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP8
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / ISOMERASE (異性化酵素) / BETA BARREL (Βバレル) / CENTRAL HELIX / FLEXIBLE N-TERMINAL EXTENSION
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway ...neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway / protein folding chaperone / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ミトコンドリア / multicellular organism growth / disordered domain specific binding / フォールディング / 遺伝子発現の調節 / calmodulin binding / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. ...Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kang, C. / Ye, H. / Simon, B. / Sattler, M. / Yoon, H.S.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2013
タイトル: Functional role of the flexible N-terminal extension of FKBP38 in catalysis.
著者: Kang, C. / Ye, H. / Chia, J. / Choi, B.H. / Dhe-Paganon, S. / Simon, B. / Schutz, U. / Sattler, M. / Yoon, H.S.
#1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2006
タイトル: Backbone 1H, 13C, and 15N resonance assignments of the N-terminal domain of FKBP38 (FKBP38NTD).
著者: Kang, C.B. / Ye, H. / Vivekanandan, S. / Simon, B. / Sattler, M. / Yoon, H.S.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2013年11月6日ID: 2JWX
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED SHEET 6 & 7

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9101
ポリマ－16,9101
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP8 / PPIase FKBP8 / 38 kDa FK506-binding protein / 38 kDa FKBP / FKBP-38 / hFKBP38 / FK506-binding ...PPIase FKBP8 / 38 kDa FK506-binding protein / 38 kDa FKBP / FKBP-38 / hFKBP38 / FK506-binding protein 8 / FKBP-8 / FKBPR38 / Rotamase


分子量: 16910.133 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 58-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP8, FKBP38 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14318, プロリルイソメラーゼ
配列の詳細SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS BASED ON ISOFORM 2 OF DATABASE Q14318 (FKBP8_HUMAN).

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H15N HSQC
1233D HNCA
1333D HN(CO)CA
1433D HNCO
1533D HN(CA)CB
1633D CBCA(CO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1833D H(CCO)NH
1933D C(CO)NH
11012D 1H-1H NOESY
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11323D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-15N] FKBP38-1, 20 mM Na-PO4-2, 50 mM NaCl-3, 1 mM DTT-4, 0.1 mM EDTA-5, 10 % [U-99% 2H] D2O-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5-1 mM [U-13C; U-15N] FKBP38-7, 20 mM Na-PO4-8, 50 mM NaCl-9, 1 mM DTT-10, 0.1 mM EDTA-11, 10 % [U-99% 2H] D2O-12, 0.5-1 mM [U-13C; U-15N] FKBP38-13, 20 mM Na-PO4-14, 50 mM NaCl-15, 1 mM DTT-16, 0.1 mM EDTA-17, 100 % [U-100% 2H] D2O-18, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-1 mM [U-13C; U-15N] FKBP38-19, 20 mM Na-PO4-20, 50 mM NaCl-21, 1 mM DTT-22, 0.1 mM EDTA-23, 10 % [U-99% 2H] D2O-24, 0.5-1 mM [U-13C; U-15N] FKBP38-25, 20 mM Na-PO4-26, 50 mM NaCl-27, 1 mM DTT-28, 0.1 mM EDTA-29, 100 % [U-100% 2H] D2O-30, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMFKBP38-1[U-15N]0.5-11
20 mMNa-PO4-21
50 mMNaCl-31
1 mMDTT-41
0.1 mMEDTA-51
10 %D2O-6[U-99% 2H]1
mMFKBP38-7[U-13C; U-15N]0.5-12
20 mMNa-PO4-82
50 mMNaCl-92
1 mMDTT-102
0.1 mMEDTA-112
10 %D2O-12[U-99% 2H]2
mMFKBP38-13[U-13C; U-15N]0.5-12
20 mMNa-PO4-142
50 mMNaCl-152
1 mMDTT-162
0.1 mMEDTA-172
100 %D2O-18[U-100% 2H]2
mMFKBP38-19[U-13C; U-15N]0.5-13
20 mMNa-PO4-203
50 mMNaCl-213
1 mMDTT-223
0.1 mMEDTA-233
10 %D2O-24[U-99% 2H]3
mMFKBP38-25[U-13C; U-15N]0.5-13
20 mMNa-PO4-263
50 mMNaCl-273
1 mMDTT-283
0.1 mMEDTA-293
100 %D2O-30[U-100% 2H]3
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2LINGE, O'DONOGHUE, NILGES精密化
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
FELIX_FELIX2004FELIX2004Accelrys Software Inc.データ解析
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CNS1.1BRUNGER, ADAMS, CLORE, GROS, NILGES, READ精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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