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万見
- PDB-2mf6: Solution NMR structure of Chimeric Avidin, ChiAVD(I117Y), in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mf6
タイトルSolution NMR structure of Chimeric Avidin, ChiAVD(I117Y), in the biotin bound form
要素Avidin, Avidin-related protein 4/5
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Avidin / Avidin-related protein 4/5
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tossavainen, H. / Kukkurainen, S. / Maatta, J.A.E. / Pihlajamaa, T. / Hytonen, V.P. / Kulomaa, M.S. / Permi, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Chimeric Avidin - NMR Structure and Dynamics of a 56 kDa Homotetrameric Thermostable Protein
著者: Tossavainen, H. / Kukkurainen, S. / Maatta, J.A.E. / Kahkonen, N. / Pihlajamaa, T. / Hytonen, V.P. / Kulomaa, M.S. / Permi, P.
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin, Avidin-related protein 4/5
D: Avidin, Avidin-related protein 4/5
B: Avidin, Avidin-related protein 4/5
C: Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6014
ポリマ－57,6014
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Avidin, Avidin-related protein 4/5


分子量: 14400.254 Da / 分子数: 4
断片: P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82
変異: I117Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chimera of Avidin and Avidin-related protein 4/5 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: AVD, AVR4, AVR5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02701, UniProt: P56734
配列の詳細THIS ENTRY IS A CHIMERA OF AVIDIN AND AVIDIN-RELATED PROTEIN 4/5.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D H(CCO)NH
1613D C(CO)NH
1713D (H)CCH-COSY
181(HB)CB(CGCD)HD
191HCCmHm
11013D 1H-13C NOESY
11113D 1H-15N NOESY
21223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-1, 0.7-1.2 mM d-biotin-2, 93 % H2O-3, 7 % D2O-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-5, 0.7-1.2 mM d-biotin-6, 100 % D2O-7, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMavidin-1[U-13C; U-15N]0.7-1.21
mMd-biotin-20.7-1.21
93 %H2O-31
7 %D2O-41
mMavidin-5[U-13C; U-15N]0.7-1.22
mMd-biotin-60.7-1.22
100 %D2O-72
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.51 atm333 K
26.51 atm333 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity INOVA / 製造業者: Varian / モデル: Unity INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
SparkyGoddard, Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
SparkyGoddard, Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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