PDB-2mf2: Structural and biophysical characterization of the mRNA interfera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mf2

タイトル

Structural and biophysical characterization of the mRNA interferase SaMazF from Staphylococcus aureus.

要素

mRNA interferase MazF

キーワード

HYDROLASE / CcdB/MazF fold / ribonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

closest to the average, model1

データ登録者

Zorzini, V. / Cheung, A. / Loris, R. / van Nuland, N.A.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and biophysical characterization of Staphylococcus aureus SaMazF shows conservation of functional dynamics
著者: Zorzini, V. / Buts, L. / Sleutel, M. / Garcia-Pino, A. / Talavera, A. / Haesaerts, S. / De Greve, H. / Cheung, A. / van Nuland, N.A.J. / Loris, R.

履歴

登録	2013年10月3日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mf2.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mf2.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mf2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mf2_validation.pdf.gz	556.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mf2_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2mf2_validation.xml.gz	216 KB	表示
CIF形式データ	2mf2_validation.cif.gz	252.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/2mf2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mzm 4mzp 4mzt
類似構造データ	2fqq-d 2aa7-d 6uaf-d 3pd0-d 6bh9-1 4ps0-2 4fba-3 4qtx-d 5ibc-d 5hh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17288

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: mRNA interferase MazF

B: mRNA interferase MazF

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	mRNA interferase MazF / Endoribonuclease MazF / Toxin MazF 分子量: 14821.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: mazF, MW1992 / プラスミド: pDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A0D7, UniProt: Q2FWI8*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

mRNA interferase MazF / Endoribonuclease MazF / Toxin MazF

分子量: 14821.011 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mazF, MW1992 / プラスミド: pDuet1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A0D7, UniProt: Q2FWI8*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SaMazF, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	SaMazF-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
90 %	H2O-2		1
10 %	D2O-3		1

試料状態

pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
RECOORD, _CNS		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Final refinement in water

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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