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- PDB-2me3: HIV-1 gp41 clade C Membrane Proximal External Region peptide in D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2me3
タイトルHIV-1 gp41 clade C Membrane Proximal External Region peptide in DPC micelle
要素Envelope glycoprotein gp160
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MPER / viral fusion / helix-hinge-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model5
データ登録者Sun, Z.J. / Wagner, G. / Reinherz, E.L. / Kim, M. / Song, L. / Choi, J. / Cheng, Y. / Chowdhury, B. / Bellot, G. / Shih, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Disruption of Helix-Capping Residues 671 and 674 Reveals a Role in HIV-1 Entry for a Specialized Hinge Segment of the Membrane Proximal External Region of gp41.
著者: Sun, Z.Y. / Cheng, Y. / Kim, M. / Song, L. / Choi, J. / Kudahl, U.J. / Brusic, V. / Chowdhury, B. / Yu, L. / Seaman, M.S. / Bellot, G. / Shih, W.M. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5141
ポリマ－3,5141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / MPER-Du151


分子量: 3514.016 Da / 分子数: 1
断片: membrane proximal external region (UNP residues 636-662)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: clade C, DU151.2 isolate / 遺伝子: env / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q202K4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO,HNCA,HN(CA)CB,HN(COCA)CB,HN(CO)CA,HN(CA)CO
1213D C(CO)NH,H(CCO)NH,(H)CCH-TOCSY
1313D 1H-13C NOESY
1423D 1H-15N NOESY
1523D HNHA
1632D 1H-1H NOESY,TOCSY
174Q-J RDC
NMR実験の詳細Text: MODELS SUPERIMPOSED FROM RESIDUE 666 TO RESIDUE 672.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-DU151, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] MPER-DU151, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM MPER-DU151, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-DU151, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mg/mL DNA nanotube, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMPER-DU151-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMDPC-2[U-100% 2H]1
1 mMMPER-DU151-3[U-100% 15N]2
100 mMDPC-4[U-100% 2H]2
1 mMMPER-DU151-53
100 mMDPC-6[U-100% 2H]3
1 mMMPER-DU151-7[U-100% 13C; U-100% 15N]4
100 mMDPC-8[U-100% 2H]4
20 mg/mLDNA nanotube-94
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Varian INOVAVarianINOVA6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe9Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.8.4Rochus Kellerデータ解析
CARA1.8.4Rochus Kellerchemical shift assignment
CARA1.8.4Rochus Kellerpeak picking
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3.0cGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure models were calculated using TENSO module incorporating RDC restraints during the high temperature torsion angle dynamics annealing stage, and planeDisPot module incorporating EPR ...詳細: Structure models were calculated using TENSO module incorporating RDC restraints during the high temperature torsion angle dynamics annealing stage, and planeDisPot module incorporating EPR depth restraints during the subsequent low temperature Cartesian coordinate dynamics annealing stage.
NMR constraintsNOE constraints total: 382 / NOE intraresidue total count: 137 / NOE long range total count: 12 / NOE medium range total count: 111 / NOE sequential total count: 122 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 25 / Protein psi angle constraints total count: 22
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum torsion angle constraint violation: 4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.28 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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