+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mdv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of beta alpha alpha 38 | ||||||
![]() | Designed protein | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Hub-linked / RHH1 Superfamily / Miniprotein | ||||||
生物種 | artificial gene (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model1 | ||||||
![]() | Kier, B.L. / Sheffler, W. / Baker, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Covalent Assembly of Homooligomeric Proteins Using Structure-templating Hubs 著者: Kier, B.L. / Sheffler, W. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 790.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 689.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 375.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 786.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 75 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 112.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
| |||||||||
詳細 | Dimerization is covalent, via a WXCXW hub.) |
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4599.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial gene (人工物) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: A beta-alpha-alpha dimer motif held together by a WXCXW hub, and employing the key features of the RHH1 superfamily. Designed & optimized using Foldit. | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | 内容: 50 mM sodium phosphate, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| |||||||||
試料状態 | イオン強度: 0.11 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 280 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 700 MHz |
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1136 / NOE intraresidue total count: 654 / NOE long range total count: 44 / NOE medium range total count: 144 / NOE sequential total count: 284 / Disulfide bond constraints total count: 2 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 32 |