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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mdu | ||||||
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タイトル | Circular Permutant of the WW Domain with Loop 1 Excised | ||||||
![]() | Pin1 WW domain | ||||||
![]() | ISOMERASE / Circular Permutation / Miniprotein / Dynamics / Folding | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | closest to the average, model9 | ||||||
![]() | Kier, B.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Circular Permutation of a WW Domain: Folding Still Occurs after Excising the Turn of the Folding-Nucleating Hairpin. 著者: Kier, B.L. / Anderson, J.M. / Andersen, N.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 193.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 393.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 551.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3794.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: This miniprotein construct represents a circular permutation of the Pin1 WW domain (loop 1 excision), with some additional mutations for stability and removal of chromophore redundancy. The ...詳細: This miniprotein construct represents a circular permutation of the Pin1 WW domain (loop 1 excision), with some additional mutations for stability and removal of chromophore redundancy. The structure is very similar to that of wild-type WW Pin1, except of course for the termini and loop 1. This miniprotein was not designed with native-like ligand-binding function in mind. | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 50 mM sodium phosphate, 0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.11 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 280 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Standard Lennard-Jones potential | ||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 473 / NOE intraresidue total count: 222 / NOE long range total count: 118 / NOE medium range total count: 32 / NOE sequential total count: 101 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 22 |