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万見
- PDB-2mcm: MACROMOMYCIN -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mcm
タイトルMACROMOMYCIN
要素MACROMOMYCIN
キーワードAPOPROTEIN (酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces macromomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Van Roey, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1989
タイトル: Crystal structure analysis of auromomycin apoprotein (macromomycin) shows importance of protein side chains to chromophore binding selectivity.
著者: Van Roey, P. / Beerman, T.A.
履歴
登録1991年5月8日処理サイト: BNL
改定 1.01993年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
Remark 700SHEET THE STRUCTURE CONSISTS OF A SEVEN-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-BARREL (FLATTENED) AND TWO ...SHEET THE STRUCTURE CONSISTS OF A SEVEN-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-BARREL (FLATTENED) AND TWO ANTIPARALLEL BETA-RIBBONS. THE FOLDING OF THE BETA-BARREL HAS SIMILAR GREEK KEY MOTIF AS THE C DOMAIN OF IMMUNOGLOBULIN. THE STRUCTURE IS COMPOSED OF A FLATTENED SEVEN-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-BARREL AND TWO ANTIPARALLEL BETA-SHEET RIBBONS. THE BARREL AND RIBBONS DEFINE A DEEP CLEFT THAT IS THE CHROMOPHORE BINDING SITE. RESIDUES LISTED UNDER SITE REFER TO RESIDUES THAT HAVE SIDE CHAINS EXTENDING INTO THIS AREA. THE SHEET PRESENTED AS *BRL* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SEVEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A EIGHT-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROMOMYCIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1505
ポリマ－10,7561
非ポリマー3954
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.290, 35.580, 38.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUE PRO 8 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 MACROMOMYCIN


分子量: 10755.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces macromomyceticus (バクテリア)
参照: UniProt: P01549
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE CHROMOPHORE BINDING SITE IS LOCATED BETWEEN THE BARREL AND THE RIBBONS. RESIDUES LISTED ON SITE ...THE CHROMOPHORE BINDING SITE IS LOCATED BETWEEN THE BARREL AND THE RIBBONS. RESIDUES LISTED ON SITE CHR RECORDS ARE THOSE THAT HAVE SIDE CHAINS EXTENDING INTO THIS AREA.
非ポリマーの詳細THE CALCIUM COORDINATION IS A DISTORTED PENTAGONAL BIPYRAMID. LIGANDS COME FROM THREE DIFFERENT ...THE CALCIUM COORDINATION IS A DISTORTED PENTAGONAL BIPYRAMID. LIGANDS COME FROM THREE DIFFERENT PROTEIN MOLECULES AN TWO WATER MOLECULES. O LEU 89 AND OD1 ASP 79 ARE THE TOP AND BOTTOM OF THE BIPYRAMID. ONE LIGAND IN THE PENTAGON IS MISSING. THIS AREA IS EXPOSED TO THE LESS ORDERED SOLVENT. A WATER MOLECULE (HOH 209) IS PRESENT IN APPROXIMATELY THE RIGHT ORIENTATION BUT 3.23 ANGSTROMS FROM THE CALCIUM. BECAUSE OF PDB FORMAT DEFINITIONS THE LIGANDS THE CALCIUM THAT ARE IN DIFFERENT PROTEIN MOLECULES CANNOT BE PRESENTED ON CONECT RECORDS BELOW. THEY ARE: O LEU 89 (-X, Y + 1/2, -Z) OD1 ASP 79 (-X, Y - 1/2, -Z)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
35 mM1dropCaCl2
435 %(w/v)MPD1droppH8.0
568 %(w/v)MPD1reservoir
625 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.5→10 Å / σ(F): 2
詳細: A NUMBER OF WATERS ARE DISORDERED AND ARE PRESENTED IN TWO OR MORE ALTERNATE CONFORMATIONS. BECAUSE OF THE REFINEMENT PROCEDURE USED, THE OCCUPANCIES DO NOT ADD UP TO 1.0 FOR WATERS IN ALTERNATE CONFORMATIONS.
Rfactor反射数
obs0.153 13119
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 25 109 886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0580.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.191.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.761.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.762
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.220.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2140.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor32.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor12.215
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 12674
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.46
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.76
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.19
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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