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万見
- PDB-2mc6: A bacteriophage transcription regulator inhibits bacterial transc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mc6
タイトルA bacteriophage transcription regulator inhibits bacterial transcription initiation by sigma-factor displacement
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
  • RNA polymerase inhibitor p7
キーワードTRANSCRIPTION / p7 / RNAP / sigma factor / beta prime subunit / NTD / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #560 / : / Xanthomonas phage Xp10 Transcription regulator P7 / Double Stranded RNA Binding Domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 ...Double Stranded RNA Binding Domain - #560 / : / Xanthomonas phage Xp10 Transcription regulator P7 / Double Stranded RNA Binding Domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase inhibitor p7
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas phage Xp10 (ファージ)
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, B. / Shadrin, A. / Sheppard, C. / Xu, Y. / Severinov, K. / Matthews, S. / Wigneshweraraj, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: A bacteriophage transcription regulator inhibits bacterial transcription initiation by sigma-factor displacement.
著者: Liu, B. / Shadrin, A. / Sheppard, C. / Mekler, V. / Xu, Y. / Severinov, K. / Matthews, S. / Wigneshweraraj, S.
履歴
登録2013年8月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase inhibitor p7
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4252
ポリマ－9,4252
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area525.7 Å2
ΔGint-7.9 kcal/mol
Surface area1257 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase inhibitor p7 / 45L


分子量: 8188.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas phage Xp10 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LTJ5
#2: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 1236.460 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-10 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
参照: UniProt: Q8KTH8, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D 1H-15N NOESY
1613D HN(CA)CB
1713D 1H-13C NOESY
1813D HBHA(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11012D 1H-1H COSY
11112D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 5 mM sodium chloride, 5 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
5 mMsodium chloride-11
5 mMpotassium phosphate-21
5 mMsodium chloride-32
5 mMpotassium phosphate-42
試料状態イオン強度: 10 / pH: 8.7 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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