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万見
- PDB-2mbk: The Clip-segment of the von Willebrand domain 1 of the BMP modula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mbk
タイトルThe Clip-segment of the von Willebrand domain 1 of the BMP modulator protein Crossveinless 2 is preformed
要素Crossveinless 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / von Willebrand type C domain / BMP modulator / Crossveinless 2 / BMPER
機能・相同性
機能・相同性情報


otic placode formation / neural crest formation / regulation of BMP signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / extracellular matrix binding / blood vessel development / hemopoiesis / regulation of angiogenesis / extracellular matrix / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #20 / : / Defensin A-like / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain ...Defensin A-like - #20 / : / Defensin A-like / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Other non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Mueller, T.D. / Fiebig, J.E. / Weidauer, S.E. / Qiu, L. / Bauer, M. / Schmieder, P. / Beerbaum, M. / Zhang, J. / Oschkinat, H. / Sebald, W.
引用ジャーナル: Molecules / 年: 2013
タイトル: The Clip-Segment of the von Willebrand Domain 1 of the BMP Modulator Protein Crossveinless 2 Is Preformed.
著者: Fiebig, J.E. / Weidauer, S.E. / Qiu, L.Y. / Bauer, M. / Schmieder, P. / Beerbaum, M. / Zhang, J.L. / Oschkinat, H. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crossveinless 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3361
ポリマ－7,3361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Crossveinless 2


分子量: 7336.424 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: bmper, cvl2, id:ibd5071 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5D734
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D 1H-1H TOCSY
1232D DQF-COSY
1332D 1H-1H NOESY
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-15N TOCSY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CA)CB
1813D HNCO
1913D HN(CA)CO
11013D HBHA(CO)NH
11113D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CV2 VWC1, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 0.2 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.5 mM [U-99% 15N] CV2 VWC1, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 0.2 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
32 mM CV2 VWC1, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 5 % [U-2H] D2O, 0.2 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMCV2 VWC1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
20 mMsodium chloride-31
5 %D2O-4[U-2H]1
0.2 %sodium azide-51
1.5 mMCV2 VWC1-6[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-72
20 mMsodium chloride-82
5 %D2O-9[U-2H]2
0.2 %sodium azide-102
2 mMCV2 VWC1-113
20 mMsodium phosphate-123
20 mMsodium chloride-133
5 %D2O-14[U-2H]3
0.2 %sodium azide-153
試料状態イオン強度: 0.04 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
AURELIA3.85Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerデータ解析
AURELIA3.85Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.29Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.29Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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