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万見
- PDB-2mbf: Solution structure of the forkhead domain of Brugia malayi DAF-16a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mbf
タイトルSolution structure of the forkhead domain of Brugia malayi DAF-16a
要素Fork head domain containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / forkhead / FOXO / FOXO3a / winged helix / insulin/IGF-1 signaling / filarial parasites
機能・相同性Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Brugia malayi (マレー糸状虫)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Veldkamp, C.T. / Peterson, F.C. / Casper, S.K. / Schoeller, S.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: The solution structure of the forkhead box-O DNA binding domain of Brugia malayi DAF-16a.
著者: Casper, S.K. / Schoeller, S.J. / Zgoba, D.M. / Phillips, A.J. / Morien, T.J. / Chaffee, G.R. / Sackett, P.C. / Peterson, F.C. / Crossgrove, K. / Veldkamp, C.T.
履歴
登録2013年7月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22014年10月29日Group: Database references
改定 1.32014年12月10日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fork head domain containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6731
ポリマ－11,6731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fork head domain containing protein


分子量: 11672.978 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 342-442 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bm1_50095 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QCW6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Forkhead box DNA binding domain of Brugia malayi DAF-16a, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM
構成要素: Forkhead box DNA binding domain of Brugia malayi DAF-16a-1
Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 200 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.精密化
TopSpin2.1Brukercollection
NMRPipe2007Delagio,F. et al.解析
XEASY1.3Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CARA1.8.4Keller, R.データ解析
CYANA3Guntert, P.structural calculation
CYANA3Guntert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT AND ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT. Bm-DAF-16a ...詳細: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT AND ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT. Bm-DAF-16a STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 29521 NOE CONSTRAINTS ( 1771 INTRA, 455 SEQUENTIAL, 415 MEDIUM, 313 LONG RANGE) AND 114 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS., Bm-DAF-16a STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 29521 NOE CONSTRAINTS ( 1771 INTRA, 455 SEQUENTIAL, 415 MEDIUM, 313 LONG RANGE) AND 114 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.
NMR constraintsNOE constraints total: 2954 / NOE intraresidue total count: 1771 / NOE long range total count: 313 / NOE medium range total count: 415 / NOE sequential total count: 455
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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