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- PDB-2mb5: HYDRATION IN PROTEIN CRYSTALS. A NEUTRON DIFFRACTION ANALYSIS OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mb5
タイトルHYDRATION IN PROTEIN CRYSTALS. A NEUTRON DIFFRACTION ANALYSIS OF CARBONMONOXYMYOGLOBIN
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AMMONIUM CATION WITH D / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法中性子回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schoenborn, B.P. / Cheng, X.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Hydration in Protein Crystals. A Neutron Diffraction Analysis of Carbonmonoxymyoglobin
著者: Cheng, X. / Schoenborn, B.P.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Real Space Refinement of Neutron Diffraction Data from Sperm Whale Carbonmonoxymyoglobin
著者: Hanson, J.C. / Schoenborn, B.P.
#2: ジャーナル: Acs Symp.Ser. / 年: 1980
タイトル: The Determination of Structural Water by Neutron Protein Crystallography. An Analysis of the Carbon Monoxide Myoglobin Water Structure
著者: Schoenborn, B.P. / Hanson, J.C.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A (Supplement) / 年: 1975
タイトル: Neutron Diffraction Analysis and Real Space Refinement of met and Carbon Monoxide Myoglobin
著者: Schoenborn, B.P. / Norvell, J.C.
#4: ジャーナル: Brookhaven Symposia in Biology / 年: 1975
タイトル: Neutron Diffraction Analysis of Metmyoglobin
著者: Schoenborn, B.P. / Diamond, R.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1975
タイトル: Neutron Diffraction Analysis of Myoglobin. Structure of the Carbon Monoxide Derivative
著者: Norvell, J.C. / Nunes, A.C. / Schoenborn, B.P.
#6: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: A Neutron Diffraction Analysis of Myoglobin. III. Hydrogen-Deuterium Bonding in Side Chains
著者: Schoenborn, B.P.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1969
タイトル: Neutron Diffraction Analysis of Myoglobin
著者: Schoenborn, B.P.
#8: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1989年10月11日処理サイト: BNL
置き換え1991年1月15日ID: 1MB5
改定 1.01991年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0869
ポリマ－17,2351
非ポリマー8518
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.610, 30.950, 34.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
参照: UniProt: P02185

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非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ND4 / AMMONIUM CATION WITH D / (2H4)アンモニウム


分子量: 22.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: N
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#6: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 55 89 1361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
NEUTRON DIFFRACTIONp_bond_d0.006
NEUTRON DIFFRACTIONp_angle_d0.039

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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