[日本語] English
万見
- PDB-2max: NMR structure of the RNA polymerase alpha subunit C-terminal doma... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2max
タイトルNMR structure of the RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain from Helicobacter pylori
要素DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / RNA polymerase alpha subunit / HP1293 / JHP1213 / RPOA / DNA-directed RNA polymerase / nucleotidyltransferase / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Borin, B.N. / Krezel, A.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Helicobacter pylori RNA polymerase alpha-subunit C-terminal domain shows features unique to -proteobacteria and binds NikR/DNA complexes.
著者: Borin, B.N. / Tang, W. / Krezel, A.M.
履歴
登録2013年7月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1601
ポリマ－14,1601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 14159.904 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA Polymerase alpha subunit C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: jhp_1213, rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZJT5, DNA-directed RNA polymerase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCANH
1323D C(CO)NH
1423D H(CCO)NH
1523D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-15N] RNAP alpha subunit CTD, 25 mM potassium phosphate, 225 mM potassium chloride, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] RNAP alpha subunit CTD, 25 mM potassium phosphate, 225 mM potassium chloride, 1 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRNAP alpha subunit CTD-1[U-15N]1
25 mMpotassium phosphate-21
225 mMpotassium chloride-31
1 mMTCEP-41
1 mMRNAP alpha subunit CTD-5[U-13C; U-15N]2
25 mMpotassium phosphate-62
225 mMpotassium chloride-72
1 mMTCEP-82
試料状態pH: 7.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る