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万見
- PDB-2mal: Solution structure of Lipid Transfer Protein from Lentil Lens Cul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mal
タイトルSolution structure of Lipid Transfer Protein from Lentil Lens Culinaris
要素Non-specific lipid-transfer protein 2
キーワードLIPID TRANSPORT / plant lipid transfer protein / Lens Culinaris
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Lens culinaris (マメ科)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Gizatullina, A.K. / Mineev, K.S. / Shenkarev, Z.O.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Recombinant production and solution structure of lipid transfer protein from lentil Lens culinaris.
著者: Gizatullina, A.K. / Finkina, E.I. / Mineev, K.S. / Melnikova, D.N. / Bogdanov, I.V. / Telezhinskaya, I.N. / Balandin, S.V. / Shenkarev, Z.O. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年10月2日ID: 2LJO
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3001
ポリマ－9,3001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein 2 / LTP2 / Non-specific lipid-transfer protein 7 / LTP7


分子量: 9299.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lens culinaris (マメ科) / プラスミド: pET-His8-TrxL-Lc-LTP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AT29

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-15N HSQC
1523D 1H-15N NOESY
1623D 1H-15N TOCSY
1723D HNHA
1823D HNHB
1933D 1H-13C NOESY
11033D (H)CCH-TOCSY
11133D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.4 mM [U-100% 15N] Lc-LTP2, 100% D2O100% D2O
21.4 mM [U-100% 15N] Lc-LTP2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.0-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Lc-LTP2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
1.4 mMLc-LTP2-1[U-100% 15N]1
1.4 mMLc-LTP2-2[U-100% 15N]2
mMLc-LTP2-3[U-100% 13C; U-100% 15N]1.0-1.53
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
XEASYKeller and Wuthrichpeak picking
XEASYKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Tho精密化
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 817 / NOE intraresidue total count: 290 / NOE long range total count: 79 / NOE medium range total count: 240 / NOE sequential total count: 208
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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