PDB-2maf: Solution structure of opa60 from n. gonorrhoeae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2maf

タイトル

Solution structure of opa60 from n. gonorrhoeae

要素

Opacity protein opA60

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / BETA-BARREL

機能・相同性

Porin, opacity type / Opacity family porin protein / Outer membrane autotransporter barrel / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / porin activity / Cell surface interactions at the vascular wall / cell outer membrane / Opacity protein opA60

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

closest to the average, model1

データ登録者

Columbus, L. / Fox, D.A. / Larsson, P. / Lo, R.H. / Kroncke, B.M. / Kasson, P.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Neisserial outer membrane protein Opa60: loop flexibility essential to receptor recognition and bacterial engulfment.
著者: Fox, D.A. / Larsson, P. / Lo, R.H. / Kroncke, B.M. / Kasson, P.M. / Columbus, L.

履歴

登録	2013年7月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2maf.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2maf.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2maf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2maf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/2maf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mlhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5sxl-d 7b27-1 4odx-1 6hs5-d 3sqb-1 5r90-d 1g7l-d 3baz-d 5a4l-1 6pex-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19343

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Opacity protein opA60

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 400	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Opacity protein opA60 分子量: 27115.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: MS11 / 遺伝子: opaH, opaI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04884

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(COCA)CB
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D HN(CA)CO

-
試料調製

詳細

内容: 800 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] OPA60, 150 mM Dodecyl Phosphcholine, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
800 uM	OPA60-1	[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]	1
150 mM	Dodecyl Phosphcholine-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
150 mM	sodium chloride-4		1

試料状態

pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.31	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
CARA	1.8.4.2	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
GROMACS	4.5	Lindahl	精密化
NMRPipe	7.9	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
TopSpin	3	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 lowest energy structures from simulated annealing experiment embedded in lipid bilayer with MD experiment of 100 ns.

NMR constraints

Protein phi angle constraints total count: 64 / Protein psi angle constraints total count: 64

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 1.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 6.5 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.11 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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