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万見
- PDB-2ma8: Solution NMR Structure of Salmonella typhimurium LT2 Secreted Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma8
タイトルSolution NMR Structure of Salmonella typhimurium LT2 Secreted Protein SrfN: Northeast Structural Genomics Consortium Target StR109
要素Putative secreted protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / homodimer / PSI-Biology / alpha+beta / secreted protein / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性YdgH/BhsA/McbA-like domain / YdgH-like superfamily / YdgH/BhsA/McbA-like domain / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Secreted protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfirst structure that meets the conformer selection criteria, model1
データ登録者Cort, J.R. / Eletsky, A. / Adkins, J.N. / Burnet, M.C. / Parish, D. / Liu, K. / Sukumaran, D.K. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, T. ...Cort, J.R. / Eletsky, A. / Adkins, J.N. / Burnet, M.C. / Parish, D. / Liu, K. / Sukumaran, D.K. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, T. / Xiao, R. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of DUF1471 Domains of Salmonella Proteins SrfN, YdgH/SssB, and YahO.
著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / ...著者: Eletsky, A. / Michalska, K. / Houliston, S. / Zhang, Q. / Daily, M.D. / Xu, X. / Cui, H. / Yee, A. / Lemak, A. / Wu, B. / Garcia, M. / Burnet, M.C. / Meyer, K.M. / Aryal, U.K. / Sanchez, O. / Ansong, C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Adkins, J.N. / Montelione, G.T. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C.H. / Savchenko, A. / Szyperski, T. / Cort, J.R.
履歴
登録2013年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted protein
B: Putative secreted protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4542
ポリマ－18,4542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1521.5 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10755.3 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40low energy structures with few restraint violations and reasonable geometry
代表モデルモデル #1first structure that meets the conformer selection criteria

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要素

#1: タンパク質 Putative secreted protein


分子量: 9227.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM0082 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q7CR88

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC ali
1312D 1H-13C ct-HSQC ali
1412D 1H-13C HSQC aro
1512D 1H-13C ct-HSQC aro
1613D HNCO
171GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
181GFT (4,3)D HNNCABCA
191GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
1101GFT (4,3)D (H)CCH-COSY ali
1111GFT (4,3)D (H)CCH-COSY aro
11213D 1H-13C/15N simNOESY
11333D 1H-13C X-filtered NOESY
11422D 1H-13C 28ms ct-HSQC
11522D 1H-13C 56ms ct-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.38 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] StR109 subunit, 100 mM sodium chloride, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] StR109 subunit, 100 mM sodium chloride, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] StR109 subunit, 1.2 mM StR109 subunit, 100 mM sodium chloride, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.38 mMStR109 subunit-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloride-21
100 mMDTT-31
5 mMCaCl2-41
20 mMMES-51
0.02 %sodium azide-61
1.8 mMStR109 subunit-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloride-82
100 mMDTT-92
5 mMCaCl2-102
20 mMMES-112
0.02 %sodium azide-122
1.2 mMStR109 subunit-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.2 mMStR109 subunit-143
100 mMsodium chloride-153
100 mMDTT-163
5 mMCaCl2-173
20 mMMES-183
0.02 %sodium azide-193
試料状態イオン強度: 115 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1P.GUNTERT ET AL.構造決定
CYANA2.1P.GUNTERT ET AL.精密化
VNMR6.1CVariancollection
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
AutoAssign1.15.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski, Montelionechemical shift assignment
CARA1.5.5Keller et al.データ解析
PROSA6.0.2Guntert解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: first structure that meets the conformer selection criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: low energy structures with few restraint violations and reasonable geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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