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- PDB-2ma6: Solution NMR Structure of the RING finger domain from the Kip1 ub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma6
タイトルSolution NMR Structure of the RING finger domain from the Kip1 ubiquitination-promoting E3 complex protein 1 (KPC1/RNF123) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8700A
要素E3 ubiquitin-protein ligase RNF123
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Ring fing domain / Zinc binding protein (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deubiquitination / proteolysis involved in protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / 核膜 / Ub-specific processing proteases / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ring finger protein 123, SPRY domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 ...Ring finger protein 123, SPRY domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF123
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, null
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Janjua, H. / Kohan, E. / Wang, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the RING finger domain from the Kip1 ubiquitination-promoting E3 complex protein 1 (KPC1/RNF123) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8700A
著者: Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Janjua, H. / Kohan, E. / Wang, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF123
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0143
ポリマ－6,8831
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RNF123 / Kip1 ubiquitination-promoting complex protein 1 / RING finger protein 123


分子量: 6882.918 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1247-1304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: plasmid / 遺伝子: FP1477, KPC1, RNF123 / Plasmid details: pET15Avi6HT_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK
参照: UniProt: Q5XPI4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic CT
1412D 1H-13C HSQC aromatic noCT
1513D 1H-15N NOESY
1613D 1H-15N NOESY NUS
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aliphatic NUS
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11022D 1H-13C HSQC aliphatic
11113D C(CO)NH
11213D H(CCO)NH
11313D (H)CCH-COSY
11432D 1H-15N HSQC
11532D 1H-13C HSQC aliphatic
11632D 1H-15N HSQC HIS
11711D T1 NSQC array
11811D T2 NHSQC array
11913D CBCA(CO)NH
12013D HN(CA)CB
12113D HBHA(CO)NH
12213D HNCO
12312D 1H-15N HSQC NH2 only
12424D (H)CCH NOESY
12523D CCH-TOCSY
12622D 1H-15N HSQC
12712D 1H-15N HSQC
12813D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-15N] 5% 13C-fractional labeling HR8700A.005, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR8700A.005, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 100 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9 mM [U-100% 15N] 5% 13C-fractional labeling HR8700A.007, 0.02 % NaN3, 10 mM DTT, 5 mM CaCL2, 100 mM NaCL, 1 x Proteinase Inhibitors, 20 mM MES pH 6.5, 10 % D2O, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMHR8700A.005-1[U-15N] 5% 13C-fractional labeling1
0.02 %NaN3-21
10 mMDTT-31
5 mMCaCL2-41
100 mMNaCL-51
1 %Proteinase Inhibitors-61
20 mMMES pH 6.5-71
10 %D2O-81
50 uMDSS-91
1.0 mMHR8700A.005-10[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN3-112
10 mMDTT-122
5 mMCaCL2-132
100 mMNaCL-142
1 %Proteinase Inhibitors-152
20 mMMES pH 6.5-162
100 %D2O-172
50 uMDSS-182
0.9 mMHR8700A.007-19[U-100% 15N] 5% 13C-fractional labeling3
0.02 %NaN3-203
10 mMDTT-213
5 mMCaCL2-223
100 mMNaCL-233
1 %Proteinase Inhibitors-243
20 mMMES pH 6.5-253
10 %D2O-263
50 uMDSS-273
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II8501
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement,geometry optimization,structure solution
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
NMRPipeNMRPipe-2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin2.4Bruker Biospincollection
VnmrJvnmrj_1.1_DVariancollection
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
TALOS+Version 1.2009.0721.18Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PSVS1.4Bhattacharya, Montelionestructure validation
FMCGUIfmcgui2.5_linuxAlex Lemak, Cheryl Arrowmith精密化
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing, null / ソフトェア番号: 1
詳細: CNS water refinement of Cyana structures via fmcGui, null
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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