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万見
- PDB-2ma3: NMR solution structure of the C-terminus of the minichromosome ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma3
タイトルNMR solution structure of the C-terminus of the minichromosome maintenance protein MCM from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)
キーワードREPLICATION / Minichromosome maintenance protein / MCM / Winged helix
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / single-stranded DNA helicase activity / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA helicase / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Archaeal MCM, winged-helix / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain ...: / Archaeal MCM, winged-helix / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM OB domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model15
データ登録者Wiedemann, C. / Ohlenschlager, O. / Medagli, B. / Onesti, S. / Gorlach, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structure and regulatory role of the C-terminal winged helix domain of the archaeal minichromosome maintenance complex.
著者: Wiedemann, C. / Szambowska, A. / Hafner, S. / Ohlenschlager, O. / Guhrs, K.H. / Gorlach, M.
履歴
登録2013年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1361
ポリマ－10,1361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 DNA replication initiator (Cdc21/Cdc54)


分子量: 10135.653 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 583-666 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: ATCC 29096 / 遺伝子: MTH_1770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RILP / 参照: UniProt: O27798

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HCACO
1713D HNHA
1813D C(CO)NH
1913D H(CCO)NH
11013D 1H-15N TOCSY
11123D 1H-13C NOESY aliphatic
11223D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-13C NOESY aliphatic
11413D 1H-15N NOESY
11512D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N] C-terminus of the minichromosome maintenance protein MCM of Methanothermobacter thermautotrophicus, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90 % H2O, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] C-terminus of the minichromosome maintenance protein MCM of Methanothermobacter thermautotrophicus, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 100 % D2O, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMC-terminus of the minichromosome maintenance protein MCM of Methanothermobacter thermautotrophicus-1[U-13C; U-15N]1
10 mMsodium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
90 %H2O-41
10 %D2O-51
1 mMC-terminus of the minichromosome maintenance protein MCM of Methanothermobacter thermautotrophicus-6[U-13C; U-15N]2
10 mMsodium phosphate-72
150 mMsodium chloride-82
100 %D2O-92
試料状態イオン強度: 160 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AvanceIII / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNデータ解析
CYANA精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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