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万見
- PDB-2ma1: Solution structure of HRDC1 domain of RecQ helicase from Deinococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ma1
タイトルSolution structure of HRDC1 domain of RecQ helicase from Deinococcus radiodurans
要素DNA helicase RecQ
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RecQ HRDC domain 1
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / four-way junction helicase activity / replisome / DNA 3'-5' helicase / DNA duplex unwinding / 3'-5' DNA helicase activity / SOS response / isomerase activity / chromosome / DNA recombination ...bacterial nucleoid / four-way junction helicase activity / replisome / DNA 3'-5' helicase / DNA duplex unwinding / 3'-5' DNA helicase activity / SOS response / isomerase activity / chromosome / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain ...DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type, bacterial / HRDC domain / RQC domain / RQC / RQC domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / HRDC domain superfamily / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Liu, S. / Zhang, W. / Gao, Z. / Ming, Q. / Hou, H. / Lan, W. / Wu, H. / Cao, C. / Dong, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the N-terminal-most HRDC1 domain of RecQ helicase from Deinococcus radiodurans
著者: Liu, S. / Zhang, W. / Gao, Z. / Ming, Q. / Hou, H. / Lan, W. / Wu, H. / Cao, C. / Dong, Y.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA helicase RecQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0541
ポリマ－8,0541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA helicase RecQ


分子量: 8054.140 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 536-610 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DrRecQ, DR_1289 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RUU2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY aliphatic
1313D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 2mM [U-98% 13C; U-98% 15N] HRDC1-1, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2 mM / 構成要素: HRDC1-1 / Isotopic labeling: [U-98% 13C; U-98% 15N]
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1230 / NOE intraresidue total count: 397 / NOE long range total count: 103 / NOE medium range total count: 338 / NOE sequential total count: 392 / Hydrogen bond constraints total count: 26 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 48 / Protein psi angle constraints total count: 48
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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