PDB-2m8v: Solution Structure and Activity Study of Bovicin HJ50, a Particul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m8v

タイトル

Solution Structure and Activity Study of Bovicin HJ50, a Particular Type AII Lantibiotic

要素

BovA

キーワード

ANTIBIOTIC / lantibiotic

機能・相同性

Lantibiotic, type A, Lactobacillales-type / Type-A lantibiotic / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / extracellular region / Lantibiotic

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus equinus (バクテリア)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Zhang, J. / Feng, Y. / Wang, J. / Zhong, J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Type AII lantibiotic bovicin HJ50 with a rare disulfide bond: structure, structure-activity relationships and mode of action.
著者: Zhang, J. / Feng, Y. / Teng, K. / Lin, Y. / Gao, Y. / Wang, J. / Zhong, J.

履歴

登録	2013年5月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.0	2024年7月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m8v.cif.gz	193.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m8v.ent.gz	159 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qpy-1 1d9r-d 1ehs-d 2elx-d 1qpy-3 1q2t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19275

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BovA

3.44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	BovA / Bovicin HJ50 分子量: 3440.091 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-58 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus equinus (バクテリア) 株: HJ50 / 遺伝子: bovA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83ZN8
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-1H NOESY
1	5	2	2D 1H-13C HSQC
1	6	2	2D 1H-1H TOCSY
1	7	2	2D DQF-COSY
1	8	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM BovA-1, 50 mM [U-2H] sodium acetate-2, 0.01 % DSS-3, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1 mM BovA-4, 50 mM [U-2H] sodium acetate-5, 0.01 % DSS-6, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	BovA-1		1
50 mM	sodium acetate-2	[U-2H]	1
0.01 %	DSS-3		1
1 mM	BovA-4		2
50 mM	sodium acetate-5	[U-2H]	2
0.01 %	DSS-6		2

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
XwinNMR	Bruker Biospin	collection
Felix	Accelrys Software Inc.	解析
NMRViewJ	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS		精密化

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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