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- PDB-2m8s: NMR Structure of the Cytoplasmic Tail of the Membrane Form of Hep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m8s
タイトルNMR Structure of the Cytoplasmic Tail of the Membrane Form of Heparin-binding EGF-like Growth Factor (proHB-EGF-CT) Complexed with the Ubiquitin Homology Domain of Bcl-2-associated Athanogene 1 from Mus musculus (mBAG-1-UBH)
要素
  • BAG family molecular chaperone regulator 1
  • Proheparin-binding EGF-like growth factor
キーワードCHAPERONE/MEMBRANE PROTEIN / mBAG-1 / proHB-EGF-CT / CHAPERONE-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of keratinocyte migration / PI3K events in ERBB4 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein localization to mitochondrion / negative regulation of motor neuron apoptotic process ...: / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / adenyl-nucleotide exchange factor activity / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of keratinocyte migration / PI3K events in ERBB4 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein localization to mitochondrion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / wound healing, spreading of epidermal cells / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-EGFR signaling pathway / positive regulation of wound healing / muscle organ development / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / regulation of heart contraction / Uptake and function of diphtheria toxin / ERBB2 Regulates Cell Motility / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB4 signaling / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / GAB1 signalosome / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / cell chemotaxis / phosphoprotein binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / EGFR downregulation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Downregulation of ERBB2 signaling / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / endocytic vesicle membrane / positive regulation of neuron apoptotic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. ...Molecular chaperone regulator BAG / BAG domain superfamily / BAG domain / BAG domain / BAG domain profile. / BAG domains, present in regulator of Hsp70 proteins / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BAG family molecular chaperone regulator 1 / Proheparin-binding EGF-like growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model18
データ登録者Huang, H.W. / Yu, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Cytoplasmic Tail of Heparin Binding EGF-like Growth Factor (proHB-EGF-CT) Complexed with the Ubiquitin Homology Domain of Bcl-2-Associated ...タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Cytoplasmic Tail of Heparin Binding EGF-like Growth Factor (proHB-EGF-CT) Complexed with the Ubiquitin Homology Domain of Bcl-2-Associated Athanogene 1 from Mus musculus (mBAG-1-UBH).
著者: Hung, K.W. / Huang, H.W. / Cho, C.C. / Chang, S.C. / Yu, C.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BAG family molecular chaperone regulator 1
B: Proheparin-binding EGF-like growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6832
ポリマ－13,6832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 5000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 BAG family molecular chaperone regulator 1 / BAG-1 / Bcl-2-associated athanogene 1


分子量: 10799.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 137-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60739
#2: タンパク質・ペプチド Proheparin-binding EGF-like growth factor / Heparin-binding EGF-like growth factor / HB-EGF / HBEGF / Diphtheria toxin receptor / DT-R


分子量: 2883.185 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 185-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBEGF, DTR, DTS, HEGFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99075

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D C(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin homology domain of mouse BAG-1-1, 20 mM sodium phosphate-2, 100 mM sodium chloride-3, 5 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMubiquitin homology domain of mouse BAG-1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMDTT-41
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMR / 製造業者: Varian / モデル: VNMR / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 18 / 代表コンフォーマー: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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