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万見
- PDB-2m8k: A pyrimidine motif triple helix in the Kluyveromyces lactis telom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m8k
タイトルA pyrimidine motif triple helix in the Kluyveromyces lactis telomerase RNA pseudoknot is essential for function in vivo
要素RNA (48-MER)
キーワードRNA / telomerase / pseudoknot / RNA triplex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cash, D.D. / Cohen, O. / Kim, N. / Shefer, K. / Brown, Y. / Ulyanov, N.B. / Tzfati, Y. / Feigon, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Pyrimidine motif triple helix in the Kluyveromyces lactis telomerase RNA pseudoknot is essential for function in vivo.
著者: Cash, D.D. / Cohen-Zontag, O. / Kim, N.K. / Shefer, K. / Brown, Y. / Ulyanov, N.B. / Tzfati, Y. / Feigon, J.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (48-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1531
ポリマ－15,1531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (48-MER)


分子量: 15152.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 11echo NOESY
2242D 13C Filtered/Edited NOESY
2362D 13C Filtered/Edited NOESY
2422D NOESY presat
2542D (H)CCH-COSY, 3D (H)CCH-TOCSY
2662D (H)CCH COSY, 3D (H)CCH-TOCSY
2742D 1H-13C HSQC
2862D 1H-13C HSQC
2972D 1H-13C HSQC
11032D HNNOESY
11152D HNNOESY
1123HNN-COSY
1135HNN-COSY
11432D 1H-15N HSQC
11552D 1H-15N HSQC
21622D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 100% D2O100% D2O
51 mM [U-98% 13C; U-98% 15N]-Cyt,Gua RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61 mM [U-98% 13C; U-98% 15N]-Cyt,Gua RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 100% D2O100% D2O
71 mM [U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri,Cyt,Gua RNA (48-MER), 10 mM TRIS, 0.5 mM Magnesium Chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRNA (48-MER)-11
10 mMTRIS-21
0.5 mMMagnesium Chloride-31
1 mMRNA (48-MER)-42
10 mMTRIS-52
0.5 mMMagnesium Chloride-62
1 mMRNA (48-MER)-7[U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri3
10 mMTRIS-83
0.5 mMMagnesium Chloride-93
1 mMRNA (48-MER)-10[U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri4
10 mMTRIS-114
0.5 mMMagnesium Chloride-124
1 mMRNA (48-MER)-13[U-98% 13C; U-98% 15N]-Cyt,Gua5
10 mMTRIS-145
0.5 mMMagnesium Chloride-155
1 mMRNA (48-MER)-16[U-98% 13C; U-98% 15N]-Cyt,Gua6
10 mMTRIS-176
0.5 mMMagnesium Chloride-186
1 mMRNA (48-MER)-19[U-98% 13C; U-98% 15N]-Ade,Uri,Cyt,Gua7
10 mMTRIS-207
0.5 mMMagnesium Chloride-217
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106.3ambient 283 K
2106.3ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003
Bruker DRXBrukerDRX5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift calculation
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
XwinNMRBruker Biospinchemical shift assignment
XwinNMRBruker Biospinデータ解析
XwinNMRBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1027 / NOE intraresidue total count: 380 / NOE long range total count: 287 / NOE medium range total count: 18 / NOE sequential total count: 342
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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