PDB-2m8f: Structure of lasso peptide astexin3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2m8f

タイトル

Structure of lasso peptide astexin3

要素

astexin3

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / sidechain-to-backbone link

機能・相同性

defense response to bacterium / extracellular region / cytoplasm / Astexin-3

機能・相同性情報

生物種

Asticcacaulis excentricus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Maksimov, M.O. / Link, A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Discovery and characterization of an isopeptidase that linearizes lasso peptides.
著者: Maksimov, M.O. / Link, A.J.

履歴

登録	2013年5月18日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2m8f.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2m8f.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2m8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/2m8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1znu-d 4ttm-2 1pt4-d 2k7g-d 1n1u-d 2jue-d 2jwm-d 4tto-1 2kch-d 1nb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 19250

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: astexin3

2.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	astexin3 分子量: 2542.755 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-49 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Asticcacaulis excentricus (バクテリア) 株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2447 / プラスミド: pASK-75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E8RUP8
Has protein modification	Y

#1: タンパク質・ペプチド

astexin3

分子量: 2542.755 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-49 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Asticcacaulis excentricus (バクテリア)
株: ATCC 15261 / DSM 4724 / VKM B-1370 / CB 48 / 遺伝子: Astex_2447 / プラスミド: pASK-75 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E8RUP8

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	2D COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 16.25 mg/mL astexin3, DMSO / 溶媒系: DMSO
試料	濃度: 16.25 mg/mL / 構成要素: astexin3-1
試料状態	温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: BRUKER AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	6	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TopSpin	2.1	Ponder	解析
MESTRENOVA	7.0.3	MestreLab Research, S.S.L., Santiago de Compostella, Spain	解析
Tinker	6	Ponder	精密化
CYANA	6	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: An ensemble of 200 structures was generated by simulated annealing under a set of 218 NOE-derived upper distance restraints and 11 3JHHA coupling-derived phi angle restraints. 20 lowest ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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